MT 430 - exam 2 - MT 430 EXAM 2 LABMATH DNA purity[DNA...

Info iconThis preview shows pages 1–3. Sign up to view the full content.

View Full Document Right Arrow Icon
MT 430 – EXAM 2 LABMATH DNA purity [DNA] Restriction enzyme Gel math BOOK Diagrams 3 = 24-38 7 = 91-126, 145-157 TOPICS Specimen handling, processing Nucleic acid isolation NA modification Electrophoresis Transfer/hybridization  Amplification  ELECTROPHORESIS OUTLINE - Agarose - Polychromide - Capillary - Apps of electrophoreiss - Electrophoreiss lab math HYBIRDIZATION : - restriction digest - RLP – Restriction  ELECTROPHORESIS - applying an electric current to a liquie which cause charged particles to migrate - have a complete circuit - negative charged particles move towards positive GEL ELECTROPHOREISS “Zone Electrophoreis” - migration macromolecules(DNA, RNA, protein = charge)  through a support matrix  (porous) - support : agarose, capillary, polyacrlamide   PROTEINS OF NUCLEIC ACIDS - DNA has an overall charge of negative because of sugar phosphate backbone - Double helix Rate of Migration Depends on “ 1) Net charge of molecule 2) pH (buffering solution) 
Background image of page 1

Info iconThis preview has intentionally blurred sections. Sign up to view the full version.

View Full Document Right Arrow Icon
3) size of molecules – smaller molecule migrate faster . . will travel further through  matrix 4) shape : livear vs. circular(plasmid)  vs. secondary structure 5) voltage: increase = more energy = migration 6) pores: concentration dependent – increase concentration of matrix (no matter  type) = decrease pore size, better resolution, change in b.p, that go through 7) temperature : vary   frictional forces are working against DNA/RNA THE MATRICIES AGAROSE  - polysaccharide derived from seaweed -  beta – d- galactose and 3,6- anyhydro-alpha-1-galactose = agar biose (building block  “polymerize” = agarose  - Forms neutral polymer chain  - Heat (mixed buffer, no H2O) -> melts (unwinding helix) -> cooling (reforms matrix )  pore size vary from 100 micro – 300 micro RESOLVING POWER OF AGAROSE - how many b.p. (range) can matrix separate and still achieve distinct band patterns  % B.P. % B.P. 0.6 0.7 0.9 1kb – 20kb 800bp – 10kb 500bp – 7kb 1.2 1.5 2.0 400 bp – 6 kb 200 bp – 4 kb 100 bp – 1 kb                                                                              Q: if you want to serperate DNA fragments that are 7,4,3, kbs, what % gel is best? 0> 0.7% gel A: want to stay in middle range, opt. res AGAROSE – COMPONENTS OF GEL SYSTEM - run horizontally  - to complete circuit buffer must cover gel Want: 1% agarose gel, hold 30 microl sample, then volume of gel needed? Calc: v=LWH
Background image of page 2
Image of page 3
This is the end of the preview. Sign up to access the rest of the document.

{[ snackBarMessage ]}

Page1 / 10

MT 430 - exam 2 - MT 430 EXAM 2 LABMATH DNA purity[DNA...

This preview shows document pages 1 - 3. Sign up to view the full document.

View Full Document Right Arrow Icon
Ask a homework question - tutors are online