genetics notes - 1/17/08 DNA (genetic material) and DNA...

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1/17/08 DNA (genetic material) and DNA structure  a polymer, a chain, the units that are put into that chain are nucleotides each nucleotides has 3 kinds of parts: o 1) 1 to 3 phosphates per nucleotide o 2) 1 5 sided sugar(deoxyribose or ribose) o 3) each nucleotide has one base(A G C T) o RNA has A G C U(uracil) -defining difference between DNA and RNA is that DNA has deoxyribose  and RNA has ribose Bases : purines have 2 rings, six sided fused to the five sided ring, adenine and  guanine pyrmidines has 1 six sided ring, cytosine, thymine, uracil -just know that there are other names for the bases Sugars : 5 carbons in deoxyribose there is one exocyclic carbon,  carbon outside of the ring (5’ carbon) difference between deoxyribose and ribose is at the 2’ carbon,  deoxyribose just has H at 2’ and ribose has OH at 2’ 5’ carbon is the one which phosphates are attached to(exocyclic) base is attached to the 1’ carbon Phosphates : ATP is a ribose sugar because it doesn’t say deoxyribose in the name uses 3 phosphates based on the name triphosphate
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-There’s a covalent linkage of phosphodiester bonds with nucleotides links 5’ carbon to the 3’ carbon from one nucleotide to the other  (phosphodiester linkage) makes a strand of the nucleotides -DNA is usually double stranded, RNA single stranded -5’ and 3’ are important in the bond -Chargaff’s rule- the quantity of adenine was equal to the quantity of thymine,  quantity of guanine was equal to the quantity of cytosine -X-ray defraction- shoot tight beam of x-rays through crystal onto a piece of  film  that’s behind the crystal.  The DNA in the crystal will bend the beam of x-ray in a  particular way to show the structure of DNA to show a unique pattern on the film trouble with x-ray defraction is that it is difficult to interpret, it was able  to show the helix to show that it was a spiral Franklin was able to give the width of the spiral and knew how long it  was for one full revolution of the spiral, knew the dimensional  characteristics, but could never see the whole model Watson and Crick  discovered the 3 dimensional shape knew something called chargaff’s rule, who looked at DNA from many  diverse species in looking at the makeup, looking for the percentages  of the bases.  Wasn’t anything consistent between the species except  for A=T and C=G knew that Franklin was working on X-ray defraction Watson and crick built a model and agreed that it was a spiral with two  strands and the two strands interact with each other in the center.  
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This note was uploaded on 03/24/2008 for the course BIO 325 taught by Professor Saxena during the Spring '08 term at University of Texas at Austin.

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