Phylogenics - Ankit Patel CPSC 507: Systems...

Info iconThis preview shows pages 1–3. Sign up to view the full content.

View Full Document Right Arrow Icon
Ankit Patel CPSC 507: Systems Biology/Bioinformatics Dr. Gustavo Caetano-Anolles February 21, 2009 Understand Evolutionary Roots: Phylogenetics With the completion of genomes from various organisms, the field of  phylogenomics is growing immensely. Phylogentics is a study of evolutionary linkage  between various organisms. The study is most conducted by studying molecular  sequence of genes and character matrices. Using phylogenetics, we can use  reconstruct tree that can help us better understand evolution of organisms, determining  common ancestors and other inter-relatedness.  Using distinguishable features or characters can be used to increase our  understanding of phylogenetics. We can use homology to understand the relationships  between characters that are shared as a result of common ancestry (Caetano-Anoles)  and homoplasy which is understanding the relationship between characters shared as a  result of reversal, convergence or parallel evolution. Also, to help with better analyze  genomes, we could use gene content, gene oge, gene sequence, gene demography  and non-coding regions to understand the interconnection between species/organisms.  With this information provided from comparative genomics, we could reconstruct  trees to better represent evolutionary history of species. When doing so, we can  demonstrate by using distance methods (using extent of genome difference as  distance), binary character coding  (genomes are represented using binary characters) ,  parsimony method (genomes are described in terms of minimum number of  evolutionary events) and maximum likelihood method (genomes are described by the  highest probability of explaining data). Making trees help us display distinct features and differences between  organisms. When constructing trees we must take into account of what characters and  genes we want to look at because they may vary by the variables we put in. The trees  that are produced that could used determine where certain organisms are related and  how closely there are related. With this, we could also determine the common ancestor  by using current characteristics of species to reconstruct what the common ancestor (if  extinct) could have been. “Organisms have evolved through the ages from ancestral forms into more 
Background image of page 1

Info iconThis preview has intentionally blurred sections. Sign up to view the full version.

View Full DocumentRight Arrow Icon
derived forms. New lineages generally retain many of their ancestral features, which are  then gradually modified and supplemented with novel traits that help them to better  adjust to the environment they live in. Studying the phylogeny of organisms can help us  explain similarities and differences among plants, animals, and microorganisms. The 
Background image of page 2
Image of page 3
This is the end of the preview. Sign up to access the rest of the document.

This note was uploaded on 06/11/2009 for the course CPSC 567 taught by Professor Gustavocaeteno-anolles during the Spring '09 term at University of Illinois at Urbana–Champaign.

Page1 / 6

Phylogenics - Ankit Patel CPSC 507: Systems...

This preview shows document pages 1 - 3. Sign up to view the full document.

View Full Document Right Arrow Icon
Ask a homework question - tutors are online