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Unformatted text preview: Applied Statistics with R David Dalpiaz 2018-04-29 2 Contents 1 Introduction 11 1.1 About This Book . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 1.2 Conventions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 1.3 Acknowledgements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 1.4 License . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 2 Introduction to R 13 2.1 Getting Started . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13 2.2 Basic Calculations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14 2.3 Getting Help . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 2.4 Installing Packages . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 3 Data and Programming 17 3.1 Data Types . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 3.2 Data Structures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 3.2.1 Vectors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18 3.2.2 Vectorization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 3.2.3 Logical Operators . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22 3.2.4 More Vectorization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23 3.2.5 Matrices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25 3.2.6 Lists . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33 3.2.7 Data Frames . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35 Programming Basics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 3.3.1 Control Flow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 3.3.2 Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42 3.3 3 4 CONTENTS 4 Summarizing Data 47 4.1 Summary Statistics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47 4.2 Plotting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48 4.2.1 Histograms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48 4.2.2 Barplots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50 4.2.3 Boxplots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52 4.2.4 Scatterplots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55 5 Probability and Statistics in R 5.1 5.2 5.3 59 Probability in R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59 5.1.1 59 Distributions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Hypothesis Tests in R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60 5.2.1 One Sample t-Test: Review . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61 5.2.2 One Sample t-Test: Example . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61 5.2.3 Two Sample t-Test: Review . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63 5.2.4 Two Sample t-Test: Example . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64 Simulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66 5.3.1 Paired Differences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67 5.3.2 Distribution of a Sample Mean . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70 6 R Resources 73 6.1 Beginner Tutorials and References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73 6.2 Intermediate References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73 6.3 Advanced References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74 6.4 Quick Comparisons to Other Languages . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74 6.5 RStudio and RMarkdown Videos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74 6.6 RMarkdown Template . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74 7 Simple Linear Regression 7.1 7.2 7.3 7.4 75 Modeling . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75 7.1.1 Simple Linear Regression Model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80 Least Squares Approach . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82 7.2.1 Making Predictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84 7.2.2 Residuals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86 7.2.3 Variance Estimation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87 Decomposition of Variation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88 7.3.1 Coefficient of Determination . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89 The lm Function . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91 CONTENTS 5 7.5 Maximum Likelihood Estimation (MLE) Approach . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97 7.6 Simulating SLR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99 7.7 History . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103 7.8 RMarkdown . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103 8 Inference for Simple Linear Regression 105 8.1 Gauss–Markov Theorem . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108 8.2 Sampling Distributions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109 8.2.1 Simulating Sampling Distributions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110 8.3 Standard Errors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115 8.4 Confidence Intervals for Slope and Intercept . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118 8.5 Hypothesis Tests . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119 8.6 cars Example . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119 8.6.1 Tests in R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120 8.6.2 Significance of Regression, t-Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122 8.6.3 Confidence Intervals in R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123 8.7 Confidence Interval for Mean Response . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124 8.8 Prediction Interval for New Observations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126 8.9 Confidence and Prediction Bands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126 8.10 Significance of Regression, F-Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128 9 Multiple Linear Regression 131 9.1 Matrix Approach to Regression . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135 9.2 Sampling Distribution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138 9.2.1 Single Parameter Tests . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140 9.2.2 Confidence Intervals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141 9.2.3 Confidence Intervals for Mean Response . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141 9.2.4 Prediction Intervals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144 9.3 Significance of Regression . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145 9.4 Nested Models . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148 9.5 Simulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151 10 Model Building 157 10.1 Family, Form, and Fit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157 10.1.1 Fit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 158 10.1.2 Form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 158 10.1.3 Family . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159 10.1.4 Assumed Model, Fitted Model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160 6 CONTENTS 10.2 Explanation versus Prediction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160 10.2.1 Explanation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160 10.2.2 Prediction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 162 10.3 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164 11 Categorical Predictors and Interactions 165 11.1 Dummy Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 165 11.2 Interactions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172 11.3 Factor Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179 11.3.1 Factors with More Than Two Levels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 182 11.4 Parameterization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187 11.5 Building Larger Models . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190 12 Analysis of Variance 195 12.1 Experiments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 195 12.2 Two-Sample t-Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 196 12.3 One-Way ANOVA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 198 12.3.1 Factor Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 204 12.3.2 Some Simulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 205 12.3.3 Power . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 206 12.4 Post Hoc Testing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 207 12.5 Two-Way ANOVA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 210 12.6 R Markdown . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 218 13 Model Diagnostics 219 13.1 Model Assumptions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 219 13.2 Checking Assumptions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 221 13.2.1 Fitted versus Residuals Plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 222 13.2.2 Breusch-Pagan Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 227 13.2.3 Histograms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 228 13.2.4 Q-Q Plots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 229 13.2.5 Shapiro-Wilk Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 236 13.3 Unusual Observations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 237 13.3.1 Leverage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 239 13.3.2 Outliers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 244 13.3.3 Influence . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 246 13.4 Data Analysis Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 247 13.4.1 Good Diagnostics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 247 13.4.2 Suspect Diagnostics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 251 CONTENTS 7 14 Transformations 255 14.1 Response Transformation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 255 14.1.1 Variance Stabilizing Transformations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 258 14.1.2 Box-Cox Transformations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 262 14.2 Predictor Transformation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 269 14.2.1 Polynomials . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 272 14.2.2 A Quadratic Model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 294 14.2.3 Overfitting and Extrapolation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 299 14.2.4 Comparing Polynomial Models . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 300 14.2.5 poly() Function and Orthogonal Polynomials . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 304 14.2.6 Inhibit Function . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 306 14.2.7 Data Example . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 307 15 Collinearity 315 15.1 Exact Collinearity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 315 15.2 Collinearity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 317 15.2.1 Variance Inflation Factor. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 320 15.3 Simulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 324 16 Variable Selection and Model Building 331 16.1 Quality Criterion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 331 16.1.1 Akaike Information Criterion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 332 16.1.2 Bayesian Information Criterion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 333 16.1.3 Adjusted R-Squared . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 333 16.1.4 Cross-Validated RMSE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 334 16.2 Selection Procedures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 337 16.2.1 Backward Search . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 338 16.2.2 Forward Search . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 343 16.2.3 Stepwise Search . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 345 16.2.4 Exhaustive Search . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 348 16.3 Higher Order Terms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 352 16.4 Explanation versus Prediction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 355 16.4.1 Explanation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 356 16.4.2 Prediction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 357 8 CONTENTS 17 Logistic Regression 359 17.1 Generalized Linear Models . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 359 17.2 Binary Response . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 360 17.2.1 Fitting Logistic Regression . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 362 17.2.2 Simulation Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 363 17.3 Working with Logistic Regression . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 368 17.3.1 Testing with GLMs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 369 17.3.2 Wald Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 369 17.3.3 Likelihood-Ratio Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 369 17.3.4 SAheart Example . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 370 17.4 Classification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 376 17.4.1 spam Example . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 377 17.4.2 Evaluating Classifiers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 379 18 Beyond 385 18.1 What’s Next . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 385 18.2 RStudio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 385 18.3 Tidy Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 385 18.4 Visualization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 386 18.5 Web Applications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 386 18.6 Experimental Design . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 386 18.7 Machine Learning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 386 18.7.1 Deep Learning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 386 18.8 Time Series . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 386 18.9 Bayesianism . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 387 18.10High Performance Computing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 387 18.11Further R Resources . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 387 19 Appendix ## ## ## ## ## ## ## ## ## ## ## [[1]] NULL [[2]] NULL [[3]] NULL [[4]] NULL 389 CONTENTS ## ## ## ## ## ## ## ## ## ## ## ## ## ## ## ## ## ## ## ## ## [[5]] NULL [[6]] NULL [[7]] NULL [[8]] NULL [[9]] NULL [[10]] NULL [[11]] NULL 9 10 CONTENTS Chapter 1 Introduction Welcome to Applied Statistics with R! 1.1 About This Book This book was originally (and currently) designed for use with STAT 420, Methods of Applied Statistics, at the University of Illinois at Urbana-Champaign. It may certainly be used elsewhere, but any references to “this course” in this book specifically refer to STAT 420. This book is under active development. When possible, it would be best to always access the text online to be sure you are using the most up-to-date version. Also, the html version provides additional features such as changing text size, font, and colors. If you are in need of a local copy, a pdf version is continuously maintained. Since this book is under active development you may encounter errors ranging from typos, to broken code, to poorly explained topics. If you do, please let us know! Simply send an email and we will make the changes as soon as possible. (dalpiaz2 AT ill...
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