chee370_as3 - CHEE370HomeworkAssignment#3 #1

Info iconThis preview shows pages 1–3. Sign up to view the full content.

View Full Document Right Arrow Icon
  CHEE-370 Homework Assi gnment #3                  #1                  1 base pair = 0.34 nm in length (from the textbook, "Size of a DNA molecule”) 2220 kbp x 1000 bp/kbp x 0.34 nm = 754.8 micrometers ~ 0.8 mm = 0.08 cm 85% of 2220 kbp = 1887 kbp  (open reading frames => protein-coding base pairs) 1,887,000 base pairs => 1,887,000 bases in each strand 1 amino acid produced per 1 codon (triplet base sequence) 1,887,000 bases / (3 bases/codon) = 629,000 amino acids Subtracting start and stop codons - difference in the number of proteins would be negligible. 629,000 a.a. / (300 a.a./protein) = 2096.7 ~ 2096 protein-encoding genes A computer can be employed to scan DNA base sequences for open reading frames, looking for start and stop  codons. Open reading frames long enough to encode realistically long proteins would be considered protein- encoding genes; thus, the presence of an ORF in an unknown DNA piece would indicate its ability to encode a  protein. A shortcoming of this technique is that it would not allow identifying of shorter genes, such as those  corresponding to protein hormones or regulatory peptides. Due to prokaryotes being free of non-coding DNA regions in their vast majority, the remaining 15% of the DNA  can be made up of transposable elements (“jumping genes”) and repeated sequences (inverted repeats). #2                  Prior to synthesizing new DNA by DNA polymerase, the original double helix must be unwound to expose the  template strands. In prokaryotes (Bacteria), DNA synthesis starts at the  origin of replication  which is a specific DNA  sequence of approximately 250 bases recognized by specific initiation proteins, such as DnaA in particular. After DnaA  binds and opens up the double helix to separate the individual strands, replication begins on two single strands. This zone  of unwound DNA where the process occurs is called the  replication fork . In circular DNA of prokaryotes, two replication  forks can proceed independently of each other thus forming a  theta structure , resembling the Greek “ ” when viewed θ   from above. Single strand binding proteins, namely helicase (DnaB), are then attached to each strand facing opposite ways.  Behind them, two enzymes, primase and DNA polymerase, are loaded to initiate DNA replication on both strands. As the  process continues, the replication fork moves along the DNA.
Background image of page 1

Info iconThis preview has intentionally blurred sections. Sign up to view the full version.

View Full DocumentRight Arrow Icon
#3                  # nucleotides that can be produced in 24 hours by one replication fork:
Background image of page 2
Image of page 3
This is the end of the preview. Sign up to access the rest of the document.

This note was uploaded on 12/01/2009 for the course CHEM ENG CHEE 370 taught by Professor Tufenkji,jones during the Fall '09 term at McGill.

Page1 / 4

chee370_as3 - CHEE370HomeworkAssignment#3 #1

This preview shows document pages 1 - 3. Sign up to view the full document.

View Full Document Right Arrow Icon
Ask a homework question - tutors are online