Exam 1 & 2 Notes

Exam 1 & 2 Notes - GeneticsExam1Notes A DNA a Apolymer,...

Info iconThis preview shows pages 1–3. Sign up to view the full content.

View Full Document Right Arrow Icon
Genetics Exam 1 Notes DNA Structure and Replication A. DNA a. A polymer, chain made of nucleotides b. Nucleotide i. 1-3 Phosphate Groups/ nucleotide ii. One Sugar 1. Deoxyribose 2. Ribose 3. The only truly reliable between DNA and RNA 4. “Defining difference between DNA and RNA” iii. One Base 1. DNA a. Adenine b. Guanine c. Thymine d. Cytosine 2. RNA a. Adenine b. Guanine c. Cytosine d. Uracil 3. Difference between Purines and Pyrimidines a. Purines – A, G (Double Ring) b. Pyrimidines – T,C,U (Single Ring) c. Phosphates attach to 5’ Carbon d. Bases attach to 1’ Carbon B. Naming Nucleotides a. ‘d’  = deoxyribose sugar (Find 2’ Sugar) i. Ribose sugar doesn’t have a distinction b. ‘A’  = adenosine (adenine) c. ‘DP’  = Di-phosphate (two phosphate groups) d. e.g. i. “ATP” 1. Sugar – Ribose 2. Base – Adenosine 3. Phosphate Groups – 3 (Tri-phosphate) C. Linkages in Structure a. Covalent Phosphodiester linkage between bases i. 5’ to 3’ Carbons D. Chargaff’s Rule a. A = T, G = C E. Rosalind Franklin a. Used X-Ray Diffraction to get structure of DNA b. Pattern of four dark spots is repeated in concentric circles, recognized by Franklin to be a  spiral c. Measured width across helix and other dimensions d. Watson and Crick stole data and picture to form structure hypothesis F. Base-Pairing a. Structure hypothesized by Watson and Crick i. Bases interact with each other on the inside of the spiral ii. Sugar-Phosphate backbone b. Thymine always pairs with Adenine (Two Bonds) c. Guanine always pairs with Cytosine (Three Bonds) i. Explained Chargaff’s Rule d. Purine always pairs with Pyrimidine keeps one width across helix i. Not too wide or narrow e. Works by electronegativity i. N, O – High electronegativity ii. C, H – Low electronegativity G. Antiparallelism of DNA a. 5’ Carbon on bottom of left strand (5’ end) b. 3’ Carbon on top of left strand (3’ end) c. 3’ on top of right strand d. 5’ on bottom of left strand e. Noted by Watson and Crick f. Also true in dsRNA, RNA(folded on top of each other, e.g. tRNA), RNA binding to RNA  (tRNA to mRNA) H. Major and Minor Grooves (3-Dimensional DNA Analysis) a. On B DNA
Background image of page 1

Info iconThis preview has intentionally blurred sections. Sign up to view the full version.

View Full Document Right Arrow Icon
i. Majority of DNA in this form ii. Most stable 3-D form b. Bases are in grooves, only specific part of DNA i. Accessible in grooves, no need for unwinding for proteins to bind ii. E.g. Proteins binding to TATA box c. Major groove is a little bit larger than Minor groove i. Separate binding areas ii. Protein will bind in either groove iii. More commonly bind to major groove 1. How? a.
Background image of page 2
Image of page 3
This is the end of the preview. Sign up to access the rest of the document.

{[ snackBarMessage ]}

Page1 / 30

Exam 1 & 2 Notes - GeneticsExam1Notes A DNA a Apolymer,...

This preview shows document pages 1 - 3. Sign up to view the full document.

View Full Document Right Arrow Icon
Ask a homework question - tutors are online