plataformas_de_proteomica.pdf - Instituto de Biotecnolog\u00eda Universidad Nacional Aut\u00f3noma de M\u00e9xico Curso \u201cM\u00e9todos Fis\u00edco-Qu\u00edmicos en

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Instituto de Biotecnología Universidad Nacional Autónoma de México Curso: “Métodos Fisíco-Químicos en Biotecnología” Plataformas de Plataformas de Proteómica Proteómica Presentan: Ing. Daniela Morales Sánchez. Ing. Lilí Esmeralda Gallo Ramírez. 30 de Mayo 2006, Cuernavaca Morelos.
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ÍNDICE 1. Introducción 1.1 Tecnología de la proteómica 1.1.1 Separación de proteínas 1.1.2 Identificación y caracterización de proteínas 2. Fundamentos de la electrofóresis 3. Tipos de electrofóresis 3.1 Electrofóresis libre 3.2 Electrofóresis zonal 3.2.1 Equipamiento de la electrofóresis 3.3 Tipos de soporte 3.3.1 Soportes no restrictivos tipo I 3.3.2 Soportes restrictivos tipo II 3.4 Factores que afectan la electroforesis 3.4.1 Campo eléctrico 3.4.2 Muestra 3.4.3 Tampón 3.4.4 Soporte 3.5 Tipos de electroforesis 3.5.1 Inmunoelectroforesis 3.5.2 Electroforesis en gel de poliacrilamida (PAGE) 3.5.2.1 Formación del gel de poliacrilamida 3.5.2.2 Tipos de monómeros 3.5.2.3 Catalizadores empleados en la formación del gel de poliacrilamida 3.5.2.4 Sistemas de tampones que se emplean en la electroforesis en geles de poliacrilamida 3.5.2.5 Formatos de la PAGE 3.5.2.6 PAGE en condiciones no desnaturalizantes 3.5.2.7 PAGE en condiciones desnaturalizantes 3.5.2.8 PAGE-SDS 3.5.3 Electroforesis en geles de gradientes 3.5.4 Electroforesis en geles de azarosa 3.5.5 Electroforesis capilar 3.5.6 Enfoque isoeléctrico 3.5.7 Electroforesis bidimensional 4. Información sobre la estructura de las proteínas 4.1 Fragmentación de proteínas 4.1.1 Proteólisis 4.1.1.1 Digestión en solución 4.1.1.2 Digestión en gel 4.1.2 Rompimiento químico 4.2 Análisis de secuencia amino y carboxilo terminal 4.2.1 Secuenciación del extremo amino terminal 4.2.1.1 Proteínas con modificaciones en el amino terminal 4.2.2 Secuenciación del extremo carboxilo terminal 5. Espectrometría de masas 5.1 Preparación de la muestra 5.2 Ionización de la muestra 5.2.1 MALDI (Matrix Assisted Lasser Desorption Ionization) 1 3 3 5 7 8 8 9 9 10 10 11 11 11 11 12 12 13 14 16 16 18 18 19 19 20 20 21 25 26 26 27 29 30 30 30 31 31 32 33 33 34 35 35 35 35 36
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5.2.2 ESI (ElectroSpray Ionization) 5.3 Análisis de masa 5.3.1 Analizador de cuadrupolo 5.3.2 Analizalizador de tiempo de vuelo (Time of Flight, ToF) 5.3.3 Analizador de trampa de iones 5.3.4 Analizadores híbridos. 5.3.5 Analizadores ToF/ToF 5.3.6 FT-ICR (Fourier transform-ion cyclotron resonance) 5.3.7 Fragmentación de iones 6. Identificación de proteínas utilizando bases de datos. 6.1 Huella de masa del péptido (peptide mass fingerprint, PMF) 6.2 Secuenciación utilizando datos generados con la técnica product ion scan MS/MS 6.3 Secuenciación de novo 7. Identificación de modificaciones post-traduccionales 7.1 Identificación de sitios de fosforilación 7.1.1 Enriquecimiento de fosfoproteínas 7.1.2 Determinación de sitios de fosforilación mediante degradación de Edman 7.1.3 Determinación de sitios de fosforilación mediante espectrometría de masas 8. Bibliografía 36 38 38 40 41 41 42 42 43 43 44 45 45 46 47 47 47 47 49
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1 1. INTRODUCCIÓN Los rápidos avances conseguidos en la tecnología del DNA están permitiendo la secuenciación sistemática de los genomas de diversos organismos.
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