week 4 - 1.)

Info iconThis preview shows pages 1–3. Sign up to view the full content.

View Full Document Right Arrow Icon
1.) Tertiary protein structure is stabilized by many types of interactions, which of the  following is an example one such interaction? a. Hydrophobic interaction between alanine and glutamine R groups. b. Disulfide bridge between two methionine residues. c. Hydrogen bond between asparagine R group and water surrounding.  d. Ionic interaction between aspartate and tyrosine R groups. e. All of the above. 1.) Alpha Helix. ( about ¼ of all amino acids)     H-Bonds form between  (C=O /NH) of residue n and (C=O/ NH ) of residue  n+4.  ___ 3.6  ____ residues per turn, 5.4 angstroms per turn,  100° apart.  1.5 Angstroms between each residue The alpha helix is ( right handed /left handed). R- groups side chains project (outward/inward)? circle  Has a diplole  amino terminus has a partial positive – carboxyl terminus  has a partial negative.  R groups interact with other R groups  3-4  residues down the helix.  Hydrogen bonding is intramolecular/intermolecular (circle).  Question?  What two amino acids are not usually found in alpha helices and why?  Proline – destablilizing kinks, not freely able to rotate around the phi angle, nitrogen  hydrogen not available.  Glycine – r group is small and too flexible, destabilizes the helices.  2.) Beta strand -> forms beta sheets.     
Background image of page 1

Info iconThis preview has intentionally blurred sections. Sign up to view the full version.

View Full DocumentRight Arrow Icon
Two types, ______ and _______ Between these two the hydrogen bonding angle is slightly different. R groups project in opposite directions.  Maximizes H-bonding within the main chain  Hydrogen boding is intermolecular 3.5 angstroms between each residue 3.) Turn / loop     : regions of protein that link 2° structural elements together. Often  exposed to the hydrophilic solvent, will contain more hydrophilic residues.  a. Beta turn =      4 ammio acid hairpin turn that connects 2 ______ beta  strands. C=O  on (n) interacts with N-H on (n+4) 4.) Question:  Beta-Sheets often have one side facing the surface of the protein and  one side facing the interior, giving rise to an amphiphillic sheet with one  hydrophobic surface and one hydrophilic surface. From the sequences listed  below pick the one that could form a strand in a amphiphillic beta-sheet. a.
Background image of page 2
Image of page 3
This is the end of the preview. Sign up to access the rest of the document.

Page1 / 8

week 4 - 1.)

This preview shows document pages 1 - 3. Sign up to view the full document.

View Full Document Right Arrow Icon
Ask a homework question - tutors are online