Lecture 19

Lecture 19 - Lecture19 Lecture19:RNASynthesisandProcessing

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Lecture 19 Lecture 19: RNA Synthesis and Processing RNA has a hydroxyl group at the 2’ position of the aldopentose and uracil instead  of thymine; single stranded and much more diverse than DNA; role in storage and  transmission of information 26.1 RNA Synthesis depends on DNA RNA polymerase  requires a template,   adds ribonucleotides to the 3’-hydroxyl  end, building RNA in the 5’ 3’ direction; the 3’hydroxyl group acts as a  nucleophile, attacking the   phosphate of the incoming ribonucleoside α   triphosphate and releases pyrophosphate most active when bound to a double- stranded DNA; U+A, G+C Does not require a primer; initiation starts with it binds at promoters During elongation; growing end of RNA strand hybrids with the DNA template  into RNA-DNA double helix; RNA “peels off” shortly after its formation and  DNA duplex re-forms Moving RNA polymerase generates waves of positive supercoils ahead of the  transcription bubble and negative supercoils behind; stress relieved by  topoisomerases  Template strand  is template and  coding strand  is identical to RNA (U vs. T) RNA polymerase of E. coli is large complex with 5 core subunits + 6th  σ   subunit: binds transiently to the core and directs the enzyme to specific binding  sites on the DNA RNA polymerases lack separate proofreading 3’ 5’ exonuclease active site;  error rate is higher o But many copies of RNA are produced from a single gene o All are eventually degraded and replaced o Mistake has less consequences than mistake in permanent info in DNA Promoters: start of RNA Synthesis  - promoters:  direct the transcription of adjacent segments of DNA - extends between -70 (before start of gene) and +30 (after start of gene) - certain nucleotides particularly common at each position is  consensus sequence  similarities in 2 short sequences near -10 (5’)TATAAT(3’) and -35  (5’)TTGACA(‘3);  - AT-rich UP (upstream promoter) at -40 and -60; this is bound by the   subunit of α   RNA polymerase - Variations in consensus sequence effect the efficiency of RNA polymerase  binding and transcription initiation  - 1 st : polymerase binds to the promoter   closed complex (bound DNA is intact  and unwound near the -10 sequence); conformational change moves transcription  complex away from promoter 
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Lecture 19 - The   subunit dissociates as the polymerase enters the elongation phase of σ   transcription  - At increased temperatures, RNA polymerase binds to the promoters off these  genes only when the  70 is replaced with the  32 (specific for heat-shock
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This note was uploaded on 02/25/2010 for the course BIOL 2800 taught by Professor Salomon during the Spring '09 term at Brown.

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