TP1 - Introduccion al lenguaje R - Anlisis Exploratorio y...

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Análisis Exploratorio y Confirmatorio de Datos de Experimentos de Microarrays TP 1 Dpto. de Matemática - Instituto de Cálculo 1er. Cuatr. 2006 Dra. Diana M. Kelmansky 1 Trabajo Práctico 1 : Introducción al lenguaje R A partir de la sección 1.2 esta guía debe leerse ejecutando simultáneamente en R todos los comandos indicados. W. J. Owen 2006. The R Guide http://cran.r-project.org/doc/contrib/Owen-TheRGuide.pdf Emmanuel Paradis 2003. R para Principiantes http://cran.r-project.org/doc/contrib/rdebuts_es.pdf Tom Short 2004. R Reference Card http://cran.r-project.org/doc/contrib/Short-refcard.pdf 1.1 Un poco de historia R es un conjunto de programas integrados para manejo de datos, simulaciones, cálculos y realización de gráficos. Es además un lenguaje de programación orientado a objetos. R es una implementación libre, independiente, open-source del lenguaje de programación S que actualmente es un producto comercial llamado S-PLUS y es distribuido por Insightful Corporation. El lenguaje S, que fue desarrollado a mediados de los años 70 en Bell Labs (de AT&T y actualmente Lucent Technologies). Originalmente un programa para el sistema operativo Unix, R ahora puede obenerse también en versiones para Windows y Macintosh y Linux. A pesar de que hay diferencias menores entre R y S-PLUS (la mayoría en la interfase gráfica), son esencialmente idénticos. El proyecto R fue iniciado por R obert Gentleman y R oss Ihaka (de donde se deriva “ R ”) del Statistics Department, University of Auckland, en 1995. Acualmente R es mantenido por un grupo internacional de desarrolladores voluntarios : Core development team. La página web del proyecto R es http://www.r-project.org . Este es el sitio principal sobre información de R: documentación, FAQs (FAQ son las iniciales de Frequently Asked Questions, o sea preguntas más frecuentes). Para bajar el sofware directamente se puede visitar el C omprehensive R A rchive N etwork (C R AN): http://cran.us.r-project.org/ La versión actual de R es 2.2.1. Para analizar los datos de microarreglos utilizaremos el software R y programas específicos desarrollados por BioConductor. Este también está integrado por
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Análisis Exploratorio y Confirmatorio de Datos de Experimentos de Microarrays TP 1 Dpto. de Matemática - Instituto de Cálculo 1er. Cuatr. 2006 Dra. Diana M. Kelmansky 2 desarrolladores voluntarios de software para el análisis y comprensión de datos de genómica, especialmente microarreglos, y se inició a mediados de 2001 ( http://www.bioconductor.org/whatisit ) 1.2 Iniciando y cerrando R La forma más fácil de usar R es en forma interactiva mediante la línea de comandos. Una vez instalado hay que hacer un doble click en el ícono de R (en Unix/Linux, se escribe R desde el símbolo de comandos (command prompt)). Cuando R se inicia, aparece la ventana del programa Gui ” (graphical user interface) con un mensaje de apertura R : Copyright 2005, The R Foundation for Statistical Computing
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