TP6 - Introduccion al lenguaje R - Anlisis Exploratorio y...

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Análisis Exploratorio y Confirmatorio de Datos de Experimentos de Microarrays TP5 Dpto. de Matemática - Instituo de Cálculo 1er. Cuatr. 2006 Dra. Diana M. Kelmansky 64 Trabajo Práctico 6 : Lectura de Datos de Microarreglos 1. Lectura utilizando el paquete marray Inicie R en el directorio en un directorio de trabajo específico y cargue el paquete marray > library(marray) 1.1 Datos incluidos en marray Para cargar el conjunto de datos swirl utilice > data(swirl) Para ver una descripción del experimento y los datos: > ?swirl #mire el help ¿Qué nombre tiene el objeto que contiene las intensidades? ¿A qué clase pertenece dicho objeto? ¿Sobre qué organismo fue realizado el experimento? ¿Cuál es el objetivo del experimento? ¿Qué significa “dye-swap experiments”? ¿Cuántos microarreglos tiene el lote? ¿Cuántas sondas tiene cada microarray, cuántas son controles? Describa detalladamente la geometría del arreglo Compare sus respuestas anteriores con la información que obtiene con: > summary(swirl) ¿Qué tipo de objeto es swirl ? > class(swirl) [1] "marrayRaw" > slotNames(swirl) [1] "maRf" "maGf" "maRb" "maGb" "maW" "maLayout" [7] "maGnames" "maTargets" "maNotes" 1.2 Acceso a diferentes partes de swirl a) a1) Acceda a los slots de swirl utilizando la función slot a2) Describa qué muestras han sido hibridizadas a cada arreglo y con qué tinte. ¿Cual es el slot que tiene esta información?
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Análisis Exploratorio y Confirmatorio de Datos de Experimentos de Microarrays TP5 Dpto. de Matemática - Instituo de Cálculo 1er. Cuatr. 2006 Dra. Diana M. Kelmansky 65 b) Acceda a las primeras 10 filas de la matriz "maRf" c) Repita lo anterior utilizando el operador @ d) Arme una tabla que contenga los nombres identificatorios de los genes que se encuentran en las filas 1330 a 1335 y sus correspondientes intensidades para el canal Rojo, para todos los microarrays. e) Repita lo anterior para los 2 primeros microarrays.
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