marrayclass11 - Deteccion de genes diferencialmente...

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Unformatted text preview: Deteccion de genes diferencialmente expresados usando modelos lineales (Limma) Edgar Acuna Departamento de Matematicas UPR-Mayaguez Limma es un paquete de R para el analisis de datos de expresion genetica obtenidos en microarreglos. Hace uso de modelos lineales para analizar disenos de experimentos y la deteccion de genes diferencialmente expresados. Usa el metodo de empirical Bayes para moderar los errores estandar de los estimados del cambio del log- fold. Esto es conseguido compartiendo informacion a traves de los genes. Esto da lugar a inferencias mas estables y un incremento en la potencia de las pruebas, especialmente para experimentos con un numero pequeno de arreglos (Smyth 2004). El modelo lineal y las funciones para detectar genes expresados se aplican tanto a arreglos cDNA (arreglos de dos colores o canales) como arreglos Affymetrix (arreglos de un solo color). Encontrando genes diferencialmente expresados entre dos grupos. Hay que empezar por ajustar un modelo lineal Y j =X j +e j donde y j contiene el nivel de expresion(log de razones o log de intensidades) para el gen j. X es la matriz diseno y j es un vector de coeficientes. Cada fila de la matriz diseno corresponde a un arreglo en el experimento y cada columna corresponde a un coeficiente el cual es usado para describir las fuentes del RNA en el experimento. Para el conjunto de datos Golub, crearemos una matriz diseno que incluye coeficientes separados para Control y Tratamiento. Ejenplo:metodo I Este metodo es llamado parametrizacion tratamiento-contrastes data(golub) design=cbind(CT=c(rep(0,27),rep(1,11)),TR=c(rep(1,2 7),rep(0,11))) design[1:10,] fit=lmFit(golub,design) #To find differentially expressed genes, we can make a contrast matrix , #which specifies which comparisons we would like to make between...
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This note was uploaded on 05/12/2010 for the course APPLIED ST 2010 taught by Professor Various during the Spring '10 term at Universidad Nacional Agraria La Molina.

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