marrayclass4 - Normalizacion Edgar Acuna Math Department...

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Normalizacion Edgar Acuna Math Department UPRM
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Sample Preparation Array Fabrication Hybridization Scanning + Image Analysis Normalization Data Analysis Ubicación del proceso de normalización en un experimento con microarrays (Figura tomada de Hoyle) Localización de los “spots”, asignación de intensidades, correccion del background, etc.
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Qué es normalización? En los experimentos de microarreglos hay muchas fuentes de variación sistemática, las cuales pueden afectar las mediciones de los niveles de expresión genética. Si se desea comparar microarreglos es necesario remover las fuentes de variación sistemática en cada uno de ellos. Entre las fuentes de variación sistemática están: Diferencias en la eficiencia de rotulación de los dos tintes Mal funcionamiento del scanner Diferencias en la potencia de los dos lasers Diferencias en la cantidad de RNA marcado entre los dos canales. Hibridización dispareja Fallas en la impresion. Sesgo en las razones de los tintes a traves de la superfice del microarray (Sesgo Espacia-Spatial bias) Normalizacion es el termino usado para describir el proceso de remover tal variación. Es decir se trata de remover el impacto del efecto de la tecnologia de microarreglo en datos de microarreglo.
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El experimento Apo AI Apolipoprotrein AI (apo AI) es un gen importante en la generacion del colesterol HDL. El ojetivo del experimento (Callows 2000) fue identificar genes expresados en ratones que tenia el gen APO AI “knock-out”. Se usaron 16 ratones , 8 con la condicion y 8 como control. Los microarreglos cDNA contienen 6,384 “probes” impresos en arreglos 4x4.Cada sector del microarreglo contiene 19 filas y 21 columnas.
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Histogram of cy3 cy3 Frequency 0 10000 30000 0 1000 2000 3000 4000 5000 Histogram of log.na(cy3, 2) log.na(cy3, 2) 0 5 10 15 200 400 600 800
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La mayoria de los métodos de normalización hacen uso de la siguiente suposición: El promedio de las razones Cy5/Cy3 es 1 o equivalentemente que el promedio del logaritmo de las razones es 0. Es decir, que el gene promedio no cambia su expresión bajo la condición que está siendo estudiada. Esto es debido a que solo entre el 10 y 20% de los genes son expresados al mismo tiempo. O sea que en un plot de Cy5 versus Cy3 los puntos mayormente deben estar alrededor de una linea con pendiente 1. O equivalentemente, los puntos en el plot de M=log 2 (Cy5/cy3)=log 2 (Cy5)-log 2 (Cy3) versus A=(log 2 (Cy3)+log 2 (Cy5) )/2 deben estar alrededor de una linea horizontal. (M es por “minus” y A es por “Add”). El plot MA equivale a una rotación de 45 grados en sentido antihorario del plot de log 2 (Cy5) vesus log 2 (Cy3) seguido de un re-escalamiento.
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0 10000 20000 30000 40000 0 5000 10000 15000 Plot de cy5 versus cy3 cy3 cy5
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Cualquier valor negativo de Cy3 o Cy5 producirá valores perdidos para M y A y el “spot” correspondiente será excluido de los análisis posteriores incluyendo normalización. La frecuencia de los valores negativos
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This note was uploaded on 05/12/2010 for the course APPLIED ST 2010 taught by Professor Various during the Spring '10 term at Universidad Nacional Agraria La Molina.

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