BIBC 102

BIBC 102 - R{MSx&i#pKe6#I#kljK#OH^lB#`#e#0#J#3#V#y Brbo%N%N%N%N#zV#l#$MQ`WHE!O#`MQ`WHE!O#l#q#$ L#I#l#$l xGaJ0=#l

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O'########$################################################################## ################################################################################### ######################################################################## ####K3##zV#########pMQ`WHE!O'######### 5? _zK##xz########################@,n#######! ##$`####09L`tu#$`####s*##L c$`#### L ##I#$`#####yHD#m=d$`####l xGaJ0=) (#`3.#M#p#x##########################K3########### #######,##,0###e###c##,############(##2@@~0<%%nn ############## ###### #####0###e### ##$####r'Ehv= ^d#######################,##,0###e###c##,############O3s#O#j) m3;d###########################,##,0###e###c##,############6U##2O /`d#############################zV########H#######1####-H## ########-H## ########`#w(@` ####-H### ########-H## ########Y0########Y0 #######d############################################### ################################################################################### ################################################################################### ################################################################################### ################################################################################### ################################################################################### ################################################################################### ################################################################################### ################################################################################### ################################################################################### ###########################################K3##zV###### ## ``LL L ##I######## #$############################################# ################################################################################### ################################################################################### ##############K3##zV#########ppLL L ##I# # ########\!UpG $########################PSn#######! ##$`####h{+=PnJ#`#Q(#`-W#}C#####H#######0####-H### ###7####-H## ###,####-H####### ####-H## ########-H############## ##########K3##zV########| #9##`wH##|#r] H################################################################################## ################################################################################### ################################################################################### ################################################################################### ################################################################################### ################################################################################### ################################################################################### ################################################################################### ################################################################################### ################################################################################### ################################################################################### #####################################################K3####### u#######K#a#n#g#a#r#o#o###############z### ##$##$############L###M###N###O############################# ##u######_##$###########/W9##############?##?###@[email protected]##A###?###? ##>##>############K#a#n#g#a#r#o#o#########? bw>N#######I9haDe#CrC####2##############6####################### #####?bw>######### #z########## #######@#######/W9 0####12:54 AM ########R#######A####C#a#l#i#b#r#i# #########@###C###F #J 0## ####### ## #####################################################h########## ##################### #z###y## x## ###### ##$###$## ##4###/W9/W9################# #z########## #######@#######/W9 0####Monday, October 18, 2010 #####p###R#######A####C#a#l#i#b#r#i# #########@###C###F #J 0## ####### ## ,########################h############################# #z###y## x## ###### ##$###$## ##4###/W9/W9###########################z### ##$####### ### #######4############ ##>######/W9###############?######@?##@?###?#### ########z##########@#######/W9 ##### ##w###\###B#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###C###D#T#F ### ## ######################X############################# #z###y## x## ###### ##$###$######/W9/W9#######################z### ##$####### ### ###################>######/W9#########PD###?######@? ##@?###?##@#### ################z###########>######### ##$/W9######## # ################## ########$##################0###e#################"#SBLY##nn #### ###zV########-H####### ####-H## ########-H############-H## ########-H#c###########`:EHt#,####-H#=#& ########`W#}C#####y#9#######4#######\VijIi#CM#AAH####y## 9# ######4########hM)<@#"###H####y#9#######4#######b W#N ###H####y#9#######4#######zP# ,DNs#H####y#9#######4### #####"#'E !!H####y#9#######4####### `wH##| ##H####Y0 ########Y0 #######d##########l###################################### ################################################################################### ################################################################################### ################################################################################### ################################################################################### ################################################################################### ##############################################################K3 ##zV######## `l xGaJ0=)########$####################################################### ################################################################################### ################################################################################### ####K3##zV#########pl xGaJ0=)######### { \pKYqZ+########################3;d#######! ##$`####)1ZI(Hp('c(#` ~ // p ##SJ0####O H###$f########`w#:q6B#:#G ####-H## d########`##ukp#A'&A####-H###b############# A######X###K3#######z##########@#######9 #####Lecture 3 ####z###B#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###C###D#T#F ### ## ##################################################X### ################################### #z###y## x## ###### ##$###$######9#9##############################z### ##$##$############L###M###N###O############################# ##u######_##$###########<###{9##############?##?###@[email protected]##A###? ###?##>##>############K#a#n#g#a#r#o#o#########? >>#######I9haDe#CrC####"##############6###### ### #####################0###e#################!/UO*C| `d#####L#e#c#t#u#r#e# #3#########################z###y## x## ###### ##$###$909############# ###O###m###u###y###~#####z### ##$####### ### ######################9#########u####?######@?##@?####PA#?##?33? #######################z###y## x## ###### ##$###$9 9###################z###>######B#####@#######:9######## #####To find out how to calculate #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## 0###"################################################`### #####################z###>######B#####@#######+9######## #%###Binding of a stimulatory modulator ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## 6###(################################################`### #############################|#####z###y## x## ###### ##$###$99#####################w###v#####z###y## x## ###### ##$###$99###################z###>######B#####@#######9######## ##### ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`########## #################x#####z###y## x## ###### ##$###$99###############z###>######B#####@#######9######## #9###Only need A pH can directly affect the enzyme activity ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## J###<################################################`### ########.##########z###>######B#####@#######9#############The pH dependence #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## $####################################################`### ###############################n#####z###y## x## ###### ##$###$9#9#####################a###e###R###T#####z###y## x## ###### ##$###$&##$#99#############################f###g#####z###y## x## ###### ##$###$&##$#99#######################z###>######B#####@########9# ####### ####M-F analogy #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`### #############################Q###P#####z###y## x## ###### ##$###$ 9q9###################z###>######B#####@########9######## ##### ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`########## ######### #z########## #######@#######9 # ###9:38 AM ####j###L#######A####C#a#l#i#b#r#i###########@###C###F # ####### ## #### ####################b############################# #z###y## x## ###### ##$###$## ##4###99################# #z########## #######@#######9 #####Tuesday, October 05, 2010 ####j###L#######A####C#a#l#i#b#r#i###########@###C###F # ####### ## ,########################b########################### #z###y## x## ###### ##$###$## ##4###99###########################z### ##$####### ### #######4############ ##>######9#########1###?######@?##@?###?#### ############z### ##$####### ### ###################>######9#########1###?######@? ##@?###?##@#### ################z###########>######### ##$9######## # ################## ########$###############z######@#######9 #9###Chymotrypsin Action Involves Acylation and Deacylation ########R#######A####C#a#l#i#b#r#i#,#######@###D##F #######@###D##F ### ## z###<###6###( #######(########( #######(########(###############################################h###### ##### ######## &####+###############z#######R######### #### ###9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w#####################z###>######B#####@#######A9######## # %###The enzymes are not in complex yet ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## 6###(################################################`### #######################z#######R######### #### ###H9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w###########################F###H#####z###y## x## ###### ##$###$&##$G9;9#######################z###>######B#####@#######[9 ######## ##### ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`########## #################J###K#####z###y## x## ###### ##$###$&##$ [9I9#######################z###>######B#####@#######[9######## #Q###During slow step the enzyme must be regenerated but kinetically hindered by rxn #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## b###T################################################`### ########L################E###I###L###!#####z###y## x## ###### ##$###$o99#########################M#####z###y## x## ###### ##$###$n9[9###############z###>######B#####@#######z9######## #####Mechanism for hydrolytic cleavage #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## 4###&################################################`### #########################z#######R######### #### ###9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w#####################z#######R######### #### ###9###########W#i#n#g#d#i#n#g#s#######################b###d#####z###y## x## ###### ##$###$&##$999#######################z###>######B#####@#######9### ##### #3###Without outside forces this marriage very stable ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## D###6################################################`### ########*################z#######R######### #### ####9###########W#i#n#g#d#i#n#g#s#################z###>######B#####@### #####9######## #=###How make unstable bring outside forces another male/females #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## N###@################################################`### ########4#########zV########`9#_5 qE{####-H## a#######`Z}I> ####-H## g########`jD"#@<#####H###T########`(8Na#Bzx#####-H##! P########`P9&hMn0M#####-H###L#######`A>}| [email protected]"####-H## #######`>>Ayy I i####-H#[#&J########`I#dQ2 f& L#F4%####-H#Q# I#######-H#5##M########` #gEz7<G####-H#+# E#######`<##_J#*xL ####-H# ##K########`DFLm;D#<#, ####-H##!F########`i1lOS#####H###H########`Zqt#8I0jn#####-H##*! ########`#h##N?4 |J#####-H### ###7####-H## ###,####-H####### ####-H####### ####-H## ########-H#{###########-H#q# ########-H#X###########y#9#######4#######} a ;hEE E E E qjjH####y#9#######4#######X h H`##s##H####y#9#######4########@ fFZ##MMH####y## 9# ######4########Rv#E7Q#u;;H####y#9#######4########0/^N j e((H####y#9#######4#######7U iH"L@""H####` c# ;ctO#=####-H#<##n########`V= E## #l####-H#3# O### ####`#DNK>#U#^####H####R########`#L#iH#k#Oa####-H### e#######`mLb0BvHN #####-H####Q### ####`#j1HE#L[####-H###m### ####`~l#OO#rhI####-H###v########`wyDd##:? k####-H###x########`##KeLW####-H###w### ####`#<LE#L5####-H###| ########`{he#PGW1HE1#####-H## u### ####`##^L1W####-H###y#######`#NMG [email protected]#MM#-h####-H#@# ########`##E@#"Z####-H#7# ~### ####`[#DT#p^<####-H#'###### [email protected]/!.####-H########0####H##% ########-H## ########-H############Y0########Y0 #######d##########T<##########K3##z V######## `#yHD#m=d#######3 $################################################################################## ################################################################################### ############################################################K3## zV#########p#yHD#m=d######### ##^@&p0b########################dgd#######! [email protected]`\$`####&U#DO)v#{] (#`#;2$A: r####-H#y# #######H#u##########`>#L#6####H#j######################P! ##K3#######z###>######B#####@########9######## #G###Know the structure of NAD, NADP, FAD, and FMN, as electron carriers. ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## X###J################################################`### ########C##########################z###y## x## ###### ##$###$&##$#99#################################z### ##$##$############L###M###N###O############################# ##u######_##$###########<###9##############?##?###@[email protected]##A###? ###?##>##>#####A####K#a#n#g#a#r#o#o########## ? >>#######I9haDe#CrC####"##############6######D###D########## ###################z###y## x## ###### ##$###$99#####################b############`###a#####z###y## x## ###### ##$###$&##$99#######################z###>######B#####@####### 9######## ##### ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`########## ############################z###y## x## ###### ##$###$&##$9K9#################################z###y## x## ###### ##$###$&##$99#######################z#######R######### #### ###9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w###################################z###y## x## ###### ##$###$&##$99##############################################z###y# # x## ###### ##$###$99###############z###>######B#####@#######9######## #####Know the five types of reactions ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## 4###&################################################`### #########################z#######R######### #### ###9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w###################################z###y## x## ###### ##$###$&##$99 #######################z###>######B#####@#######9#### #### #5###Understand the fundamental issue of enzyme kinetics #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## F###8################################################`### ########+##############z#######R######### #### ###9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w###################################z###y## x## ###### ##$###$&##$99#######################z###>######B#####@#######9### ##### #O###Understand the importance of functions of ATP as currency in cell metabolism ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## `###R################################################`### ########B############z#######R######### #### ###9###### \%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w################### ###3######R###g############ ############0###F###_###u##############z### ##$####### ### ######################9######### ,####?######@?##@?####PA#?##?33? ############z###>######B#####@#######9######## #####Key Points of lecture 4 #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## *####################################################`### ##############################z###y## x## ###### ##$###$9#9#####################k#####z###y## x## ###### ##$###$$9#9###############z###>######B#####@#######<9######## ####DO NOT MEMORIZE just recognize FAD and NAD ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## >###0################################################`### ########'#########################z###y## x## ###### ##$###$<99###############z###>######B#####@#######9######## #)###Have two different absorbance readings. #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## :###,################################################`### ########&##########z#######R######### #### ###9###########W#i#n#g#d#i#n#g#s#################z#######R######### #### ###J9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w###########################f###r######c###e#####z###y## x## ###### ##$###$&##$H99##############################z###y## x## ###### ##$###$G9G9###############z###>######B#####@#######G9######## ##### ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`########## #################s###t#####z###y## x## ###### ##$###$&##$G9#9#######################z###>######B#####@#######b9 ######## #C###NADH and NADPH act with dehydrogenases soluble electron carriers ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## T###F################################################`########## #######'###########z##########@#######9 #####Lecture 4 ####z###B#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###C###D#T#F ### ## ##################################################X############### ################ #z###y## x## ###### ##$###$######99######################0###e############ #####{_H(Od3;d#####L#e#c#t#u#r#e# #4############ #z########## #######@#######9 # ###9:56 AM ####j###L#######A####C#a#l#i#b#r#i###########@###C###F # ####### ## #### ####################b############################# #z###y## x## ###### ##$###$## ##4###99################# #z########## #######@#######9 #####Tuesday, October 05, 2010 #######L#######A####C#a#l#i#b#r#i###########@###C###F # ####### ## ,####################################################b########## ################### #z###y## x## ###### ##$###$## ##4###99###########################z### ##$####### ### #######4############ ##>######9##########u####?######@?##@?###?#### ############z### ##$####### ### ###################>######9##########u####?######@? ##@?###?##@#### ################z###########>######### ##$9######## # ################## ########$########## ##########3###7###:###=###@###C###1###2#####z###y## x## ###### ##$###$&##$/99#############################D#####z###y## x## ###### ##$###$.9-9###############z###>######B#####@#######-9######## ##### ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`########## #################A###B#####z###y## x## ###### ##$###$&##$-9)9#######################z###>######B#####@#######9######## #####Carbon Dioxide ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## "####################################################`### ###################z#######R############ #### ###9######" ####C#a#l#i#b#r#i#########*###############z#######R######### #### ###9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w#####################z######@#######9 #####Bioenergetics ####v###>#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ## ##################################################T############### ######z###>######B#####@#######9######## #####Lactae to pyruvate ########^#######A####C#a#l#i#b#r#i#,#######@###D##F #######@###D##F ### ####### ## <##############(########( ##############################################t########### #####################%###'#####z###y## x## ###### ##### ##$###$&##$99#######################z#######R######### #### ###9###########W#i#n#g#d#i#n#g#s#################z###>######B#####@## #####9######## ####Catabolism ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`########## ###############'###$###&#####z###y## x## ###### ##$###$&##$99#########################(###*#####z###y## x## ###### ##$###$&##$99#######################z###>######B#####@#######9### ##### #%###Food to Energy Deplted end products #######^#######A####C#a#l#i#b#r#i#,#######@###D##F #######@###D##F ### ####### ## V###(######"###(########(########(############################ ###################t################ ######################z#######R######### #### ###9###########W#i#n#g#d#i#n#g#s#################z###>######B#####@## #####9######## #####Anabolism #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`########## ###########z#######R######### #### ###9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w#####################z###>######B#####@########9######## #1###Precursor molecules to create energy for cells ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## B###4################################################`### ########)##########z#######R######### #### ####9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w#####################z###>######B#####@########9######## #####Thermodynamics ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## "####################################################`########## #############z#######R############ #### ####9######" ####C#a#l#i#b#r#i#########*#########################+###! ###"#####z###y## x## ###### ##$###$&##$#99#######################z###>######B#####@#######9 ######## #####Multiple step reactions #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## *####################################################`### ###################z#######R######### #### ###!9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w###########################=###? #####z###y## x## ###### ##$###$&##$ 9#9#######################z###>######B#####@####### 9######## #9###1st-energy cannot be created or destroyed only changed ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## J###<################################################`### ########/################A###B#####z###y## x## ###### ##$###$&##$/9! 9#######################z###>######B#####@#######/9######## #E###2nd -in all natural processes the entropy of the universe increases #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## V###H################################################`### ########:##############z#######R######### #### ###?9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w#####################z###>######B#####@#######o9######## #=###View ATP as a sum of the species not in its specific forms ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## N###@################################################`### ########5##############z###>######B#####@#######N9######## #g###Expresses the amount of energy capable of doing work during a reaction at constant temp and pressure ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## x###j################################################`### ########\##################[###G###H#####z###y## x## ###### ##$###$&##${9]9#########################\#####z###y## x## ###### ##$###$z9y9###############z###>######B#####@#######y9######## ##### ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`########## ###########z#######R######### #### ###U9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w###########################O###Q#####z###y## x## ###### ##$###$&##$T9?9#######################z#######R############ #### ###Q9######" ####C#a#l#i#b#r#i#########*###############z#######R############ #### ###_9######" ####C#a#l#i#b#r#i#########*#####################d###f#####z###y## x## ###### ##$###$&##$]9U9#######################z###>######B#####@#######\9 ######## #'###Heat content of the reacting system ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## 8###*################################################`### #####################z#######R######### #### ###d9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w#####################z###>######B#####@#######n9######## #;###Quantitation expression for the randomness of the system ########^#######A####C#a#l#i#b#r#i#,#######@###D##F #######@###D##F ### ####### ## b###>##########( #######(-##############################################t########### ####2#########z###>######B#####@#######}9######## ####Entropy, G ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`### ######## ##############z###>######B#####@#######{9######## # ###Enthalpy, S #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`### ######## ####################c###S###W#####z###y## x## ###### ##$###$&##${9Q9###################z#######R######### #### ###9###########W#i#n#g#d#i#n#g#s#################z###>######B#####@ ########9######## #####coupling the two reactions ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## D### ##########(########(############################################## #`#####################z#######R######### #### ####9###########W#i#n#g#d#i#n#g#s#################z###>######B#####@# #######9######## #W###Energy goes through two steps; conforms the substrate to an active intermediate thus #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## h###Z################################################`### ########P##################g###i#####z###y## x## ###### ##$###$&##$#9#9#######################z###>######B#####@####### 9######## ####Table 13-3 ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`### ######## #########################z###y## x## ###### ##$###$99###############z###>######B#####@#######9######## ##### ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`########## #################0###2#####z###y## x## ###### ##$###$&##$99#############################/######,###.#####z###y## x## ###### ##$###$&##$99#############################N########z###y## x## ###### ##$###$99#########################<###@###C###9###;#####z###y## x## ###### ##$###$&##$9#9###################z###>######B#####@#######9######## #####Gibbs Free energy, G ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## >##############(########(####################################### ########`###################z###>######B#####@#######9######## ##### ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`########## #################L#####z###y## x## ###### ##$###$9/9#####################k###h###j#####z###y## x## ###### ##$###$&##$9_9#########################o######l###n#####z###y## x## ###### ##$###$&##$9d9##################################z###y## x## ###### ##$###$99###############z###>######B#####@#######9######## ##### ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`########## #################p###u#####z###y## x## ###### ##$###$&##$99#######################z#######R############ #### ####9######" ####C#a#l#i#b#r#i#########*###############z#######R######### #### ###9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w#####################z###>######B#####@#######9######## #####Standard free energy change #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## .### ################################################`### #######################z###>######B#####@#######9######## #+###The energy change at standard conditions ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## <###.################################################`### #########################z#######R######### #### ####9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w#####################z###>######B#####@########9######## #####Actual free energy change #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## ,####################################################`### #########################z#######R############ #### ###9######" ####C#a#l#i#b#r#i#########*###############z###>######B#####@####### 9######## #####The energy change at equillibrium #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## 4###&################################################`### #######################################z###y## x## ###### ##$###$&##$#9#9#######################z###>######B#####@#######! 9######## #+###Standard free energy changes are additive #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## <###.################################################`### ########!##############################z###y## x## ###### ##$###$&##$!9#9#######################z#######R######### #### ####9###########W#i#n#g#d#i#n#g#s##################################z# ##y## x## ###### ##$###$&##$#99####################################z###y## x## ###### ##$###$&##$#999###################z#######R######### #### ####9###########W#i#n#g#d#i#n#g#s##################################z# ##y## x## ###### ##$###$&##$k99##############################z###y## x## ###### ##$###$R9R9###############z###>######B#####@#######R9######## ##### ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`########## ###########z###>######B#####@#######9######## # ###Alcohol #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #### ################################################`##################### ##z#######R######### #### ###9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w###########################4###6#####z###y## x## ###### ##$###$&##$99#######################z###>######B#####@#######9# ####### #/###Common biochemical reactions in living cells ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## @###2################################################`### ########'############z###>######B#####@#######9######## #)###Reactions that make or break c-c bonds ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## :###,################################################`### ########!##########z#######R######### #### ###)9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w###########################>###? #####z###y## x## ###### ##$###$&##$ (9%9#######################z###>######B#####@#######(9######## #####Carboxylic Acide ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## $####################################################`### #########################z#######R######### #### ###%9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w###########################;###<#####z###y## x## ###### ##$###$&##$ $9#9#######################z###>######B#####@#######$9######## #####Aldehyde ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`########## ###########z#######R######### #### ###"9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w###########################8###9#####z###y## x## ###### ##$###$&##$! 99#######################z###>######B#####@#######9######## #####Group transfers #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## "####################################################`### ###################z###>######B#####@#######9######## #####Free-radical reactions ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## *####################################################`### ##################z###>######B#####@#######9######## #7###Internal rearrangements, isomerizations, eliminations #######^#######A####C#a#l#i#b#r#i#,#######@###D##F #######@###D##F ### ####### ## h###:######"###(########(########(############################ ###################t################ '####)##############z###>######B## ###@#######9######## #####Oxidation-reductions ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## (####################################################`### ######## ############z#######R######### #### ###\9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w#####################z#######R######### #### ###9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w#####################z#######R######### #### ###9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w#####################z#######R######### #### ###9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w#####################z#######R############ #### ###]9######" ####C#a#l#i#b#r#i#########*###############z#######R######### #### ###9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w#####################z#######R############ #### ###|9######" ####C#a#l#i#b#r#i#########*###############z#######R############ #### ###9######" ####C#a#l#i#b#r#i#########*###############z#######R######### #### ####9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w#####################z###>######B#####@########9######## #####Homlytic or Heterolytic Cleavage ########^#######A####C#a#l#i#b#r#i#,#######@###D##F #######@###D##F ### ####### ## ^###&######,###(########(########(########( ##############################################t########### ##### ### #################z###>######B#####@########9######## ##### ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`########## ######################z###y## x## ###### ##$###$#9 9###############z###>######B#####@####### 9######## ##### ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`########## ###########z###>######B#####@########9######## #####Figure (13-1) #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## ####################################################`### ######## ############z###>######B#####@#######9######## # ###Alkane #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #### ################################################`##################### ##z#######R######### #### ###9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w#####################z###>######B#####@#######9######## #)###Carbox exists in five oxidations states #######^#######A####C#a#l#i#b#r#i#,#######@###D##F #######@###D##F ### ####### ## P###,##########(########("###################################### ########t########### #####!###########z#######R######### #### ####9###########W#i#n#g#d#i#n#g#s#################z#######R######### #### ###N9###########W#i#n#g#d#i#n#g#s#################z#######R######### #### ###`9######% ###A#r#i#a#l### ##############################z###y## x## ###### ##$###$&##$^9N9###################z###>######B#####@#######]9#### #### #[###Metabolic Pathways are built on introduction of a carbonyl Group in a specific locations ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## l###^################################################`### ########O################z###>######B#####@#######d9######## ####Figure 13-4#######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`### ######## ############################z###y## x## ###### ##$###$&##$d9`9#######################z#######R######### #### ###9###########W#i#n#g#d#i#n#g#s#################z#######R######### #### ###9###########W#i#n#g#d#i#n#g#s#################z#######R######### #### ###9######% ###A#r#i#a#l### ##############################z###y## x## ###### ##$###$&##$9#9#######################################z###y## x## ###### ##$###$&##$99#######################z###>######B#####@####### 9######## #%###Homolytic or Heterolytic Cleavage ########^#######A####C#a#l#i#b#r#i#,#######@###D##F #######@###D##F ### ####### ## `###(######,###( #######(########(########(############################################ ###t########### ####### ###############z###>######B#####@#######9######## ####Figure 13-6#######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`### ######## ############################z###y## x## ###### ##$###$&##$99#######################z#######R######### #### ###9######% ###A#r#i#a#l### ##############################z###y## x## ###### ##$###$&##$99####################################z###y## x## ###### ##$###$&##$99###################z###>######B#####@#######9# ####### #+###Isomerizations and Elimination reactions #######^#######A####C#a#l#i#b#r#i#,#######@###D##F #######@###D##F ### ####### ## R###.##########(########(####################################### ########t########### ###############z###>######B#####@#######9######## ####Figure 13-1#######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## 4##############(########(####################################### ########`### ######## ##############################z###y## x## ###### ##$###$&##$99#######################z###>######B#####@####### 9######## ####Figure 6.21 #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## 4##############(########(####################################### ########`#####################z#######R######### #### ####9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w#####################z###>######B#####@########9######## #####Chymotrypsin Mechanism #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## @##############(########(####################################### ########`################################z###y## x## ###### ##$###$&##$#99######################################z###y## x## ###### ##$###$#9#9###################z###>######B#####@########9######## ##### ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`########## #################}#####z###y## x## ###### ##$###$#9n9#####################o###q#####z###y## x## ###### ##$###$&##$#99#######################z###>######B#####@######## 9######## #9###Oxidation of CO2 requires sepcialized electron carriers #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## `###<##########(7#######(####################################### ########`#################z###>######B#####@########9######## ##### ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`########## ###########z#######R######### #### ####9######% ###A#r#i#a#l### ###############################z###y## x## ###### ##$###$&##$#99###################################z###y## x## ###### ##$###$&##$#9#9#######################z###>######B#####@########9 ######## ####Figure 13-7 #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`### ######## ##############z#######R######### #### ####9###########W#i#n#g#d#i#n#g#s#################z#######R############ #### ###9######" ####C#a#l#i#b#r#i#########*########################(###########z###y## x## ###### ##$###$&##$99#############################,#####z###y## x## ###### ##$###$99###############z###>######B#####@#######9######## ##### ########J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`########## #########################z###y## x## ###### ##$###$&##$9#9#######################z###>######B#####@#######69# ####### #+###Free radical initiated decarboxylations ########^#######A####C#a#l#i#b#r#i#,#######@###D##F #######@###D##F ### ####### ## \###.######"###(########(########(############################ ###################t##################### '##############################z## #y## x## ###### ##$###$&##$69#9###################z###>######B#####@#######9##### ### #####How to harness the energy #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## ,####################################################`### #########################z#######R######### #### ###9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w#####################z###>######B#####@#######9######## #a###When ATP is used as currency because when the bond is broken high amounts of energy are release #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## r###d################################################`### ########X##########z#######R######### #### ###T9###########W#i#n#g#d#i#n#g#s############ #################################z###y## x## ###### ##$###$f99###############z###>######B#####@#######d9######## ####Figure 13-8 #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #####################################################`### ######## ##############z#######R######### #### ###a9######% ###A#r#i#a#l### #############################z###y## x## ###### ##$###$&##$d9b9###########################################z###y## x## ###### ##$###$&##$a9T9#####################################z###y## x## ###### ##$###$&##$a99###################z###>######B#####@#######a9##### ### #G###Phosphryl group of transfer plays a unique role in metabolic pathways #######^#######A####C#a#l#i#b#r#i#,#######@###D##F #######@###D##F ### ####### ## n###J##########( #######(=##############################################t########### ####=#############z#######R######### #### ###9###########W#i#n#g#d#i#n#g#s#################z###>######B#####@ #######9######## #5###Multiple redox reactions in metabolic biochemistry ########^#######A####C#a#l#i#b#r#i#,#######@###D##F #######@###D##F ### ####### ## f###8######"###( #######(########(%##############################################t###### ###### ### #####&################z#######R######### #### ###9######% ###A#r#i#a#l### ###################$###!#########z###y## x## ###### ##$###$&##$99######################### ###########z###y## x## ###### ##$###$&##$99###################z###>######B#####@#######! 9######## #####Step #######J#######A####C#a#l#i#b#r#i#########@###D##F ### ####### ## #### ################################################`#################### ###########z###y## x## ###### ##$###$&##$!9!9#######################z#######R######### #### ####9######%####C#o#u#r#i#e#r# #N#e#w###################n#####z###### ##$#9############################z###y## x## ###### ##$###$#9#9##########zV########` Dy#=RK`6>####-H#`# #######-H#D##########`s####G##]#####-H#:# #######-H#0# #######`B## GQ#+ ####-H#'# '########`#& ># NOTe####-H##+!########`AeI#3#J ####-H## #########`qAU#[OJ/#####H##+#########`#&Lw>####-H## #######-H## ########`*'Y:D}#q%####-H## ########-H## #########-H############`!whjG]<<Fa####-H#w#########`}###rA3)//4####-H#m# #########`#GV1+CX#Gd####-H#E#(`########`P## .KX *I####-H#:##e########`<>#-yKc####-H### c########`af~GE*wn.y####-H### ########-H##)#########`A#)8BF8j####-H## #######`yC1#S{####H###,########`fz~EkK#b####-H###(### ####`eO7=<#####-H##########`"F,&2FA ####-H###2########`#F ####-H## [email protected]##2[d####-H#{###########`__# CX3#####-H#q# ########` K#WD%B5####-H#g# #######`I##L#;DOjT####-H#^# #########`###@?#\n####-H#B##k########-H### %########`_8s#N*>F####-H### n#######`?tPsH(T ####-H###########-H###}########-H## #######-H## #######-H##!#########`F^X$K#YHX####H############`:O#B#Dn####-H## ########`####GF##7?####-H## #######-H#e#!########`#>#^,J##3m####H#>#'########`^pe#EN+T h#>z####-H#4# #######-H#*# #######`7/ J##tF####-H#!# ########`##.Ir y####-H### #######-H###########`>s#ZGt####H##*########`#B aSM!$R####-H##########H## #######-H## ########`KxfRAAVm####-H# # ########`#yBZd####-H## q########`NhJyNI]&H#1####-H## #######-H#u##########`E,OI####H#M#(########`#FMA#rv####-H#C# #######`y3yeI#J2|-####-H#:# [email protected]#}#n####-H#0# ########` j'B #####-H#&# ########`a##F3%####H##'1########`###JA#####-H###6########H###4########`ZGJ7y[####-H###########` [email protected][k#####-H###########`n#>#0E:i#4####H##########` *|uM#M#:####-H#y##########`##M(######H#O#*########`"` FhXR9;#####-H#D##########` !#;[email protected] r0####-H#9##########`E#O#G#h#b####H#.##a########`#~AG\#s####-H############`! Q#B #####-H####H########`5 5#Cpa!l#####-H# ##########`###O#U####H############`dY#VAT### T#### H###########`+#4CtD####H###########`#{tOy #### H###########`#JM*v#####-H##+########`z |iNt^h#####-H###########` VVGK##^wP####H#e##########`##clKu;#jp####-H#[# 7#######`u#A#G;_####-H#P##<########H#3##;########`!l#J#W####-H#)# :#######`T}G$N!4>####-H####?########H###>########`w]#M/E)####-H## =#######`,#qJt#T.Z####H###B########`SGI}Z]####-H##! ########`L.A[#j3####H##"########`g#;#Jv#####-H## 3#######``Z#C+Y####-H###9########H#u##8########`D#CIa#u####H#Y##########`5*$B*#~####-H#Q##### ####`##J6\ ####-H#G# #######`]^@/lMI#i#####-H#=# i########`?KBV{Y######-H#3# #######-H#)# #######`BFgm|x####-H### ########`%nXM#fQQ)####-H### #######-H##"########`t{\g@##&0+####-H## #######`U1.#Ik.####-H##! [email protected] #### H###########`aX"#A5UP####-H## ########`#A#JK9#M####H###########`BiKxo+#####H#p#"########`oqD#^*!$####-H#P# ########`mIBI/0$#####-H#E##########` D@# #;G=q1#####-H#:##########`# A#R~####-H#0# o#######-H############`LfMlB|#\C####-H# #########`gXmr#N9$t####-H####k### ####`w#rRCOy#+####-H## g#######`0>F9 ####-H###C#######H###L########`mZJ#4_#####-H##!########` #i+IJ######-H###3#######-H## #######` ##yM[#.g####-H###+#######-H## /#######-H#m##########`#DJ>I85####-H#e##### [email protected]####H#G##p########`#H\#eKU>$####-H#=# f#######-H###'g########-H# # t########-H##"s########` @^bS#####-H## u########`==r;cOoZ^#####-H## R#######-H###S########` (I#zA####H###h########`/aF Oyyzi####-H## q#)l####### `#| # 1N#R0#Ra####-H#f##n########`#"A [####-H#E#! d########`w#L$yk####-H#;# c#######`#y8HB# HQ?)####H#0##j########`U##H#b c####-H# %##W########`&###5BKz####-H### N#######`_?MQ(xx'####H####f########`XH#G=#a####H###\########`0jxt I !s[2####-H###[#######`XsCo-####-H## F#######``# CBE######-H##)O########`Y#L~t'#~####-H##$G########`w#N+F.7H5####H###Q########` L33S [email protected]####-H#[# @#######`#4x|pHg3>eu####H#8##=########`I((G Gnn #42####-H# .# <#######`b,iM}|;####-H####B########`#tCe?"V####-H####o########`DmK4#B=####-H## ### ####`iRoQ1N##&h#####-H##;########`"# ELah#R####-H##9########``~m#IFan!####-H##? ########`+7##Fot####-H# "0########`5:#Ca=)####-H##.########-H#{ #,########`#<;Jr+K####-H#q 2########`*#kNF%}z####-H#H) (########`NwL4hw#####-H#> '#######`a#%stF,fF#####-H#4 ########`WzD5d######-H## #$########`D[g"#Bc$#4####-H# *########`b(+G###s####-H## $#######-H# %%########`5#uN`o####-H# #!########`_>#-uBqn#q####-H# #&########`U?.#@(h####-H# #"########`sIF#g<####-H# #A########`#nUJ #X####-H# @#######-H#k #D########`#C##E2F#Z#####-H#c #C#######` 1QDMVS####-H#V 0#######`cW9##Nd0]f####-H#S # ###7####-H#J ###,####-H#; ##### ####-H#, ##### ####-H#" ########-H## ##########-H## ########-H############`-k4{'G i####H#######0####-H## ########H############`cW9##Nd0]f####y#9#######4######Ew NI##/KKH####y#9#######4######## w#Gz###H####y#9#######4#######bH#TM'Un ``H####y## 9# [email protected]#LF3&&H####y#9#######4########G#G WDDH####y#9#######4#######OzQQNN 5` ..H####` J6K=<#$####-H## %########`b#7C>#wO####-H## r#######-H#f##########`WtLM#s5####-H#^##### ####`#XoFsne=####-H#S##b#######`:(+#r?A^v? ####-H#H##########`# 0#F/DMN}####-H#># ########`?#$^Gy?####-H###! ########`###O#g[#####-H###########-H# "########`#HJ k#####-H# #u#######`#vX>MvyJq#:w####-H# ########`x#Be#####-H# #########`$MmIG#####-H# ##### ####-H# #########`V#B####-H#| &########`HJAT#u####-H#r #######`#vt>E#f%#####-H#g #########`t<pE'#####-H#D #########`?f-#A#2####-H#: #######`z%#J ) ]####-H#/ #########`Qzs`#K#n####-H## !########`F]#eGazmc>####-H## #######-H# #######` PKG,<#$####-H# #########`XDF####-H# #######`~!MlHekP####-H# #######`4)K?#####-H# #########` #).In]6v####-H# _#######-H# ########`%#uuI#C####-H# % ########-H#| #######-H#W %########Y0########Y0 #######d##########u#######K3## ...
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