Lecture3notes_2011 - A.DeLozanne Lecture 2 Protein Folding...

Info iconThis preview shows pages 1–3. Sign up to view the full content.

View Full Document Right Arrow Icon
BIO 320 - CELL BIOLOGY – Summer 2010 A. De Lozanne Lecture 2 Protein Folding and Degradation. Protein modification by Ubiquitin Reading: Alberts, 5th Ed. Pages 388-399. Optional Reading: 3 Review Articles posted on Blackboard: American 284:68-73.   in Endocytosis and Signaling. Science 325:201-205 Polyubiquitin Chains Specificity and Processivity. ACS Chem. Biol. 1:20-24 Outline I. Methodology. To fully understand the topic of this lecture it is necessary to learn two  methods commonly used in protein analysis:  Pulse-Chase Analysis and  Immunoprecipitation (or pull-down analysis). A. Pulse-Chase Analysis        ( http://en.wikipedia.org/wiki/Pulse-chase_analysis ) In biochemistry and molecular biology, a pulse-chase analysis is a method for examining a  cellular process occurring over time by successively exposing the cells to a labeled compound  (pulse) and then to the same compound in an unlabeled form (chase). Radioactivity is a  commonly used label. A selected cell or a group of cells is first exposed to a labeled compound (the pulse) that is to be  incorporated into a molecule or system that is studied. The compound then goes through the  metabolic pathways and is used in the synthesis of the product studied. For example, a  radioactively labeled form of leucine (3H-leucine) can be supplied to a group of pancreatic B  cells, which then uses this amino acid in insulin synthesis. Shortly after introduction of the labeled compound (usually about 5 minutes, but the actual time  needed is dependent on the object studied), the unused labeled compound is washed away and an  EXCESS of the same, but unlabeled, substance (the chase) is introduced into the environment.  Following the previous example, the production of insulin would continue, but the newly made  peptides would no longer contain the radioactive leucine introduced in the pulse phase and  would not be visible using radioactive detection methods. However, the movement of the  labeled  insulin produced during the pulse period could still be tracked within the cell. This method is useful for determining the activity of certain cells over a prolonged period of  time. The method has been used to study  protein  kinase C, ubiquitin, and many other proteins.  1
Background image of page 1

Info iconThis preview has intentionally blurred sections. Sign up to view the full version.

View Full DocumentRight Arrow Icon
BIO 320 - CELL BIOLOGY – Summer 2010 A. De Lozanne The method was also used to prove the existence and function of Okazaki fragments. George  Palade used pulse-chase of radioactive amino acids to elicit the 
Background image of page 2
Image of page 3
This is the end of the preview. Sign up to access the rest of the document.

This note was uploaded on 02/27/2011 for the course BIO 320 taught by Professor Staff during the Spring '08 term at University of Texas.

Page1 / 7

Lecture3notes_2011 - A.DeLozanne Lecture 2 Protein Folding...

This preview shows document pages 1 - 3. Sign up to view the full document.

View Full Document Right Arrow Icon
Ask a homework question - tutors are online