microbial genetics update Spring 2011

microbial genetics update Spring 2011 - 1 MicrobialGenetics

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Microbial Genetics Chapter 8 animations:  For Thursday’s lecture Animation Quiz - Proofreading Function of DNA Polymerase Animation Quiz - Addition and Deletion Mutations Animation Quiz - Direct Repair Animation Quiz - Methyl-directed Mismatch Repair Animation Quiz - Bacterial Transformation Animation Quiz - Bacterial Conjugation Animation Quiz - Generalized Transduction Animation Quiz - Specialized Transduction Animations to watch for Next Tuesday Chapter 8 Animation Quiz - Conjugation: Transfer of the F Plasmid Animation Quiz - Rolling Circle Mechanisms of Replication Animation Quiz - Conjugation: The Transfer of Chromosomal DNA Animation Quiz - Transposons: Shifting Segments of the Genome Animation Quiz - Mechanism of Transposition  Animation Quiz - Simple Transposition Chapter 14  Animation Quiz - Replication of a Positive (+) Sense Strand of Lytic RNA Phage 1. Horizontal vs. Vertical transfer (Fig. 8.1) 2. What types of mutations happen? A. Point mutation/base substiution- single change in base pair (Fig.8.2). B. Frameshift mutation- addition or deletion of one or more basepairs to the genetic code. A three  nucleotide frameshift will result in the addition or deletion of one amino acid.(Fig. 8.4) 3. What are the effects of these mutations (Fig. 8.3): Genotype vs Phenotype changes? A. Silent- no effect on the phenotype because of degeneracy of genetic code.  B. Missense- changes codon and wrong amino acid is inserted into peptide chain. Change in the phenotype  as well as genotype. 1
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C. Nonsense- Causes the formation of a stop codon. Change in the phenotype as well as genotype. 4. Mutagens (Table 8.1) A. Chemical mutagens- generally causes altered base pairing by changing the hydrogen bond formation of  affected bases 1)  Nitrous oxide-changes base structure. 2) Alkylating agents-add alkyl groups to nuclotides 3) Base analogs-synthetic bases that improperly base pair 4) Intercalating agents- insert into DNA double helix and cause addition/deletion mutations B. Radiation (Fig 5.7) 1) UV- causes thymine dimers (Fig. 8.9). Thymine dimers do not allow DNA polymerase to correctly  read DNA coding sequence due to kinks in structure. UV irradiation does not penetrate well. 2) X-rays /gamma rays (ionizing) - causes double stranded breaks in DNA backbone due to higher  energy wave. Ioning radiation penetrates most material well. 5.
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