BMB170a_2011_LECTURE9

BMB170a_2011_LECTURE9 - !"!#$%&'#()*+,-)#.#

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Ruminants 107/g of feces •! ~ 40% of bacterial background infected everyday Mycobacteriophage Pedulla et al Cell (2003) 113:171-82 YD'U)#4+-,*+,-)# •! I';U)#1;#41Z)#J-<?# 7XK7&&;?#1;#0);U+D# •! [)'3#*';#:)#1*<4'D)3-'0#<-# \0'?);+<,4# •! "';N#D'H)#+'104#-)4G<;41:0)# J<-#'R'+*D?);+#';3#>/2# 1;])*=<;# T4 P22 Baker Lab: Tao et al Cell (1998) 95:431-7 DNA packaging by phage •! DNA is the genetic material “Hershey/Chase” –! radioactively label RNA or protein –! infect bacteria and shear off particles –! where is the radioactivity? •! DNA is packed tight –! Phillips analogy “Put 500m of Golden Gate Bridge suspension cable in the back of a FedEx truck. Hershey & Chase J Gen Phys (1952) 36:39-56 Ecoli particle attacked by T4 Phage (X25K) >/2#Y'*^'U1;U# dsDNA is packaged very tightly and efficiently Cerritelli et al Cell (1997) 91:271-80 Chang et al Structure (2006) 14:1073:82 Lander et al Science (2006) 312-1791-5 YD'U)#01J)#*N*0)# •! Y'*^'U1;U#:,1034#,G#0'-U)#J<-*)4# •! _)-N#)`*1);+#K#*';a+#'33#?<-)# >/2# •! LG))3# –! '44)?:0N#b$&&#:GS4)*# –! )])*=<;#b$&&K$&&&&#:GS4)*# •! Y'*^'U)3#>/2#,;3)-#b$&K78# 2C"#<J#G-)44,-)# Lander et al Science (2006) 312-1791-5 Phillips lab: Purohit et al Biophys J (2005) 88:851-66 Grayson et al PNAS (2007) 104:14652-7 /,*0)1*#'*134# •! c"#<J#C7#*<01GD'U)# d0)1;4*D?13+#!"#$%#@$.P7A#!!2#P$EW8%KPX# CD)#:'41*#:'4)4#1;#>/2#';3#I/2# I/2# <;0N# >/2# <;0N# /,*0)1*K'*13#:,1031;U#:0<*^4# /,*0)<413)# /,*0)<=3)# e0N*<4131*# :<;3# L1;U0)#4+-';3#<J# I/2# FD'1;#14#31-)*=<;'0#f1+D#+D)# *<;H);=<;#:)1;U#8a#g#Qa# L1h#:'*^:<;)#31D)3-'0#';U0)4#(! ")## I1:<4)#*<;J<-?'=<;4# i1UT#QT8#j#QTP# FD'-U-'ka4#I,0)# •! c-f1;#FD'-U-'k#b$.8&# •! c;ZN?'=*'00N# DN3-<0NZ)3#>/2#J-<?# ?';N#4<,-*)4#';3# *<?G'-)3#-'=<4#<J# :'4)4# BC',+<?)-4ME#d)+<#';3#'?1;<#J<-?4#<**,-#l..T..m#<J# +D)#=?)#,;3)-#GDN41<0<U1*'0#*<;31=<;4T# !#n#[K:<;3#3<;<-o#"#n#[K:<;3#'**)G+<-# Y'1-#1;)-'*=<;4# •! (<+a4#<J#G'1-4#f1+D#'+# 0)'4+#7#DK:<;[email protected]# G<441:0)A# •! 6;0N#7#1;#>/2# •! 7&#<:4)-H)3#1;#I/2# >)\;)#J'*)4# Cf<#<-1);+'=<;4#<J#+D)#:'4)4E#2;=#';3#4N;# ';=# C<-41<;#';U0)#'-<,;3#p#@+D)#/KU0N*<4131*#:<;3A# 4N;# L,U'-#G,*^)-# I<4'01;3#i-';^01;# F<;*0,41<;E#[)01h#f1+D#$&#:GS-)G)'+#';3#QTX#q#:)+f));#:G4## >/2#4+-,*+,-)#3)+)-?1;'=<;# $%&'()*+#,-'*.()*# 2# /'0&%*#1#2-)3.# !# i-';^01;#j#e<401;U#2*+'#F-N4+#@$.8QA#PEP%Q# r'+4<;#j#F-1*^#/'+,-)#@$.8QA#$%$E%Q%# /<:)0#1;#FD)[email protected]#"T#r10^1;4A# 45%650-7#%8#9'&5#:')-)*;# ='>%-#;-%%?5# 6GG<41+)#+D)#U0N*<4N31*#:<;34# 2# 4# <# "# =)*%-#;-%%?5# •!##[K:<;34#4'=4\)3# •!##L1?10'-#f13+D# •!##L1?10'-#';U0)#+<#U0N*<4131*#:<;34# •!##Y4),3<K4N??)+-N#<J#$W&s#-<+'=<;# !Y#<;#'h14# 2%6@'-)&%*#%8#9A!B"#'*+#"A!B"# &$'# 9A!B"# !YSC,-; #$&# I14)S:'4) #QTXq# [)01*'0#+f14+ #QPt# !'4)#=0+ #Pt# Y1#!'*^:<;) #6,+# Y1KY1 # #PT.q# >1'?)+)- #b7&q# "']<-#U-<<H) #f13)# "1;<-#U-<<H) #;'--<f# !Y#<k#'h14# &()# &()# "A!B"# $&T.# &$'# 7T.q# Q$t# 7&t# u;+)-1<-# 8T.q# b7Pq# ;'--<fS3))G# f13)S4D'00<f# [<f#+<#U)+#4)v,);*)#4G)*1\*1+Nw# •! [#:<;31;U#';3#H';#3)-#r''04#1;+)-'*=<;4# :)+f));#413)#*D'1;4#';3#)hG<4)3#)3U)4#<J#:'4)# G'1-4# # •! L)v,);*)#3)G);3);+#:);3':101+N#<-#3)J<-?':101+N# <J#>/2# L)v,);*)K4G)*1\*#-)*<U;1=<;#<J#3<,:0)#D)01*'0#;,*0)1*#'*134#:N#G-<+)1;4## L))?';#!"#$%#@$.%PA#Y/2L#%QEW&XKW# H3f# •! "']<-#U-<<H)E#'00#X# •! "1;<-#U-<<H)E#eFSFe#H4#2CSC2T# •! L))?';#!"#$%#G-<G<4)3#+D'+#N<,# ;))3#+f<#[K:<;34#J<-# 314*-1?1;'=<;#@:13);+'+)# 1;+)-'*=<;4AT# "']<-# "1;<-# >1*^)-4<;#!K>[email protected]'0+)*DxA# •! i1-4+#4+-,*+,-)#<J#>/2#3<,:0)# D)01h# •! $.s#:);3S$7#:G# •! F<-)#e22CCFE#!K01^)#f1+D#.TW#:GS +,-;# •! i0';^1;U#FeFe#?<-)#*<?G0)h5# :,+#YKY#314+';*)[email protected]^)#!A# •! !Y4#;<+#y'+# –! Y-<G)00)-#+f14+## •! $$s#J<-#eF## •! $%s#J<-#2C# •! _)-N#DN3-'+)3# r1;U#!"#$%#/'+,-)#@$.W&A#7WE%88#@$:;'A# >/2#G'-'?)+)-# 3)4*-1G+<-4# •! •! •! •! •! •! 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This note was uploaded on 01/03/2012 for the course BI 170a taught by Professor List during the Fall '09 term at Caltech.

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