Lecture 2-3 amino acids and protein structure

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Lecture 2 and 3   Topic 2 - Amino Acids  To predict the properties of a protein in solution, we need to calculate the protein’s  net charge. We start by calculating the net charge of a single amino acid in  solution. There are three parts of an amino acid that can carry a charge in  solution: the amino group, the carboxylic acid group and the side chain.  o It is important to know the net charge because it dictates the combination  to other proteins and it is easier to isolate and research.  o In non polar side chains, the H in the back bone can protonate. This is  mostly true for polar molecules but with uncharged side chains. o Polar side chains can either be acidic or basic. There are molecules in the  amino acid that can either gain or lose and electron and this therefor  effects the overall charge.  To calculate the net charge of an amino acid, you need to know the following  details: o The tendency of the groups to attract a proton (pKa). This is a constant.  o The number of protons available in solution (pH). This is variable.  The pH scale is a logarithmic scale: pH = -log [H+] Acidic and basic amino acids ionize (become charged) when placed in water. This  is known as dissociation. When a reaction is at equilibrium, Ka = the dissociation  constant. o
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