Oligo6.0软件教程

Oligo6.0软件教程

Info iconThis preview shows pages 1–2. Sign up to view the full content.

View Full Document Right Arrow Icon
Oligo 使用方法介绍 作为目前最好、最专业的引物设计软件, Oligo 的功能很强,在这里我们介绍它的一些主要功能:如:普通 引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估引物对质量等等。 在正式进行引物设计前,我们首先面临的一个任务就是向 Oligo 程序导入模板序列,根据不同的实验情况, 导入模板有三种方法: 1 直接用键盘输入: a 点击 file 菜单中的 New Sequence 浮动命令,或直接点击工具栏中的 New Sequence 命令,进入序列展 示窗口; b 此时即可键入 DNA 序列; c 如果需要的话, Oligo 提供碱基回放功能,在边键入时边读出碱基,防止输入错误。点击 Edit 菜单中的 “Readback on” 即可。 2 利用复制和粘贴:当我们序列已经作为 TXT 文件存在或其它 oligo 不能直接 open 的文件格式,如 word 文件 .html 格式,这个功能就显得很有用了。在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘贴, oligo 会自动去 除非碱基字符。当序列输入或粘贴完成后,点击 Accept/Discard 菜单中的 Accept 浮动命令,即可进入引物 设计模式。 3 如果序列已经保存为 Seq 格式或者 FASTA GenBank 格式时, oligo 就可以直接打开序列文件。 点击 File 菜单中的 “Open” 浮动命令,找到所需文件,打开即可。 进入引物设计模式后, oligo 一般会弹出三个窗口,分别是 6 -碱基频率窗口,碱基退火温度窗口以及序列 内部碱基稳定性窗口,其中的退火温度窗口是我们引物设计的主窗口,其它的两个窗口则在设计过程中起 辅助作用,比如 6 -碱基频率窗口可以使我们很直观地看到所设计引物在相应物种基因组中的出现频率,如 果我们的模板是基因组 DNA 或混合 DNA 时,该信息就显得有用了,而内部稳定性窗口则可以显示引物的 5’ 端稳定性是否稍高于 3’ 端等。 一,普通引物对的搜索: Mouse 4E cDNA 序列)为例。我们的目的是以 Mouse 4E 2361 bp )为模板,设计一对引物来扩增出 600 800bp 长的 PCR 产物。 1 ,点击 “Search“ 菜单中的 ”For Primers and Probes“ 命令,进入引物搜索对话框; 2 ,由于我们要设计的是一对 PCR 引物,因此正、负链的复选框都要选上,同时选上 Compatible pairs Oligo 默认的状态下,对此引物对的要求有: a ,无二聚体; b 3’ 端高度特异, GC 含量有限定, d ,去除 错误引发引物等。 3 ,剩下的工作是确定上、下游引物的位置及 PCR 产物的长度以及引物设计参数。 ①单击: “search Ranges” 按钮,弹出 “Search Ranges” 对话框。输入上游引物的范围: 1 2000 ,下游引物的 位置: 100 2300 PCR 产物的长度 600 800bp ②单击 “Paramaters”
Background image of page 1

Info iconThis preview has intentionally blurred sections. Sign up to view the full version.

View Full DocumentRight Arrow Icon
Image of page 2
This is the end of the preview. Sign up to access the rest of the document.

Page1 / 4

Oligo6.0软件教程

This preview shows document pages 1 - 2. Sign up to view the full document.

View Full Document Right Arrow Icon
Ask a homework question - tutors are online