Dans un premier temps nous avons construit des bo\u00eetes dac\u00e9tonitrile dac\u00e9tone et

Dans un premier temps nous avons construit des

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Dans un premier temps, nous avons construit des « boîtes » d’acétonitrile, d’acétone et de tert -amyl alcool permettant de modéliser les phases condensées de ces solvants. Puis, nous avons développé des paramètres spécifiques permettant de modéliser la quercétine. Enfin, nous avons inséré notre modèle de quercétine dans les trois boîtes de solvants construites au préalable. 1. SOLVANTS Pour modéliser les phases condensées des trois solvants, nous avons utilisé le champ de force OPLS-AA ( 1 ) de Jorgensen, particulièrement bien adapté pour ce type de systèmes. Des boîtes de 512 molécules ont été construites pour chacun des solvants. Toutes les simulations de dynamique moléculaire ont été réalisées avec le logiciel Namd ® ( 2 ). La visualisation et l’analyse des trajectoires ont été faites avec le logiciel VMD ® ( 3 ). Les trajectoires de dynamique moléculaire ont été générées dans l’ensemble thermodynamique NPT, à une température de 300°K et une pression de 1 atm. Les équations du mouvement ont été intégrées toutes les 1 fs. Après 200 ps de thermalisation, des trajectoires de 500 ps ont été générées. Dans ces études, l’algorithme PME (Particle Mesh Ewald) a été utilisé pour traiter les interactions électrostatiques à longue distance. 175
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CHAPITRE V.2 Modélisation de la quercétine dans des solvants organiques 1.1. Cas de l’acétonitrile La phase condensée d’acétonitrile (modèle OPLS) a été déjà modélisée par la méthode Monte Carlo ( 4 ). Les auteurs ont montré que ce modèle reproduit bien certaines propriétés thermodynamiques du liquide à 300°K ( ρ =0.765 g/cm 3 ; H vap =7.59 kcal/mol ; Cp L =26.7 cal/mol °K). De plus, ce modèle donne une bonne description de la structure du liquide. La structure de la molécule d’acétonitrile, ainsi qu’une représentation instantanée de la boîte de simulation prélevée au cours de la trajectoire de dynamique moléculaire sont représentées sur la figure V.2.1. (a) (b) Figure V.2.1. (a) structure et (b) vue instantanée de la boîte d’acétonitrile (cube d’environ 36.5 Å de côté) N C CH3 La figure V.2.2 montre les fonctions de distribution radiale (RDF) (représentant la probabilité de trouver une paire d’atomes à une distance donnée) pour différentes paires d’atomes obtenues par dynamique moléculaire. Ces RDF sont comparables à celles calculées par la méthode Monte Carlo ( 4 ). Figure V.2.2 . fonctions de distribution radiale pour l’acétonitrile obtenues par dynamique moléculaire 176
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CHAPITRE V.2 Modélisation de la quercétine dans des solvants organiques Le premier pic, bien structuré de la RDF N-CH3 met en évidence l’organisation « tête- queue » (figure V.2.3) des molécules d’acétonitrile due à l’interaction électrostatique attractive entre les dipôles des molécules ainsi organisées. L’intégration de ce pic entre 0 et 5.1 Å indique un nombre moyen de 6.1 voisins. Donc, pour chaque molécule, il y a environ 12 à 13 contacts N-CH3 dans cette gamme de distances. Les RDF C-N montrent deux pics
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