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M i est la masse de latome i i a est le vecteur

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m i : est la masse de l’atome i. i a : est le vecteur d'accélération de l’atome i. Cette équation montre que la vitesse et le sens du mouvement atomique dépendent des forces qui s’exercent entre les atomes. La force F i qui s’exerce sur un atome i se trouvant en position r i ( t ) est déterminée par : i i i dr r E d F ) ( (30) L’énergie potentielle totale du système, se calcule en utilisant les techniques de mécanique moléculaire. Le protocole typique de simulation de dynamique moléculaire contient : La création de la structure moléculaire de départ La minimisation de l’énergie Le chauffage du système L’équilibration du système à la température d’étude La production de la trajectoire L’analyse de la trajectoire Typiquement, avant d’effectuer la simulation de dynamique moléculaire, les systèmes ont été chauffés de 0 K à 300 K pendant 20 ps et équilibrés à la même température pendant encore 20 PS. Les simulations ont été effectuées à température et pression constantes (300K et 1 atm) dans des boite de solvant rectangulaires de type TIP3P [10] avec des conditions périodiques aux frontières. Des contre-ions ont été ajoutés afin de préserver la neutralité du système. Le pas temporel utilisé dans les simulations a été de 2 fs, toutes les liaisons covalentes des atomes d’hydrogène étant fixées avec l’algorithme SHAKE. Les interactions non-liées été ont négligées pour les distances supérieures à 10A°. II-3-3. METHODES SEMI-EMPIRIQUE Une méthode semi-empirique [17] est une méthode dans laquelle une partie des calculs nécessaire aux calculs Hartree-Fock est remplacé par des paramètres ajustés sur des valeurs
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CHAPITRE II: La modélisation moléculaire 39 expérimentales (l’hamiltonien est toujours paramètre par comparaison avec des composés de références). En générale toutes ces méthodes sont très précisées pour les familles de produits donnés voisines de celles utilisées pour la paramétrisation (CNDO, MINDO/3, NDDO, INDO). Les méthodes semi-empiriques de chimie quantique sont basées sur un formalisme Hartree- Fock, mais procèdent à de nombreuses approximations et utilisent des paramètres issus de données empiriques. Elles sont très importantes en chimie pour traiter de grands ensembles moléculaires dans lesquels une méthode Hartree-Fock pure sans approximations est trop coûteuse. L'utilisation de paramètres empiriques peut permettre d'inclure des effets de corrélation dans les méthodes employées. Les méthodes semi-empiriques succèdent à ce qui est parfois appelé des méthodes empiriques dans lesquelles la partie à deux électrons du hamiltonien n'est pas incluse de manière explicite. Pour les systèmes à électrons π, il s'agit de la méthode de Hückel proposée par Erich Hückel, et pour tous les systèmes d'électrons de valence, la méthode de Hückel étendue proposée par Hoffmann.[18] Techniques très utilisées, notamment pour l’étude de molécules de taille intermédiaire. [19]
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  • Fall '19
  • dr. ahmed

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