Podemos poner geles donde la forma importa o desnaturalizantes donde la forma

Podemos poner geles donde la forma importa o

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factor importante aquí es la forma. Podemos poner geles donde la forma importa o desnaturalizantes donde la forma no importa entonces los separamos por tamaño (pocas veces se usan las condiciones desnaturalizantes). Como soporte se usa agarosa, cuanta más
28 agarosa ponemos, más restrictivo es el soporte y los ácidos nucleicos son más pequeños. Cuando son muy muy pequeños se usa acrilamida. 7.6.1 Geles de agarosa. La agarosa necesitamos calentarla a 100ºC para que se disuelva, se deposita en un molde y al enfriar gelifica formando una estructura microporosa. A la disolución de agarosa fundida se le introduce en la parte de arriba un peina, que nos permitirá formar los pocillos. La electroforesis de ácidos nucleicos en geles de agarosa se hace sumergida en un tampón y de forma horizontal. La tinción que se suele utilizar es el bromuro de etidio , una molécula que se intercala en la cadena del ácido nucleico, la posición en la que se intercala es entre las bases. Movilidad electroforética de los ácidos nucleicos. Normalmente se trabajan con pares de bases. Luego lo que medimos es el logaritmo de la masa molecular (pares de bases) en función de la movilidad relativa. Hacemos una representación y así podemos interpolar (parecido a lo que se hacía en proteínas). La
29 representación de la izquierda es como varia la movilidad en diferentes porcentajes de agarosa. Y la representación del logaritmo y la distancia, la que vemos en la imagen del centro, también es la misma que en proteínas. Lo diferentes es que en proteínas ponemos en la representación masa molecular y aquí lo que ponemos en el gráfico es el número de bases, pero esto solo se hace por comodidad. La electroforesis de ácidos nucleicos se realiza en sistemas continuos , sin gel concentrador, siendo su coeficiente de fricción muy elevado y se concentran rápidamente en el mismo pocillo. Durante la electroforesis, los fragmentos de DNA de doble cadena se disponen en paralelo al campo eléctrico y avanzan reptando. La separación tiene lugar por tamaños, ya que los más pequeños corren con mayor facilidad, siendo la distancia recorrida inversamente proporcional al logaritmo de su tamaño en pares de bases. La intensidad de fluorescencia del bromuro de etidio es proporcional a la cantidad de DNA, sirviendo así como marcador de la cantidad de DNA. Para moléculas de DNA circulares, su movilidad varía con el superenrollamiento. A mayor grado de superenrollamiento, mayor compactación y mayor movilidad. Las moléculas idénticas que solo difieren en una unidad de grado de superenrollamiento se separan en electroforesis de agarosa. Cuando tenemos la misma molécula de DNA en forma lineal, circular y superenrollado recorren diferentes distancias en geles de agarosa. Los ácidos nucleicos a igualdad de forma solo se separan por tamaño.
30 En condiciones nativas, las diferentes formas se detectan en la electroforesis. Esta el típico caso de circular lineal y superenrollado. El poro tiene un tamaño, el superenrollado se adapta fácil, el lineal da tumbos hasta que se acopla y el circular lo tiene más difícil. Es una cuestión

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